多咨询公司在为企业实施ERP时都要求对企业原有的业务流程进行重新设计，重新设计的手段就是减少或合并流程中重复的、不增值的环节。这对企业传统的内部控制产生影响，如果不能很快建立起新的、有效的内部控制，必然对企业的整体运营产生影响。
其次，ERP系统使用会改变企业员工的职权。这种工作角色的转变和适应过程同样具有不确定性。一般来说，人们比较容易接纳外部环境的变化，但当外部环境需要他或她自身改变时，就容易出现抵触情绪。一个企业使用ERP系统一年多以后，企业员工还是希望能够将有的数据以报表的方式打印出来，因为觉得还是看报表方便。矛盾的是，ERP系统提供了具有权限管理的数据访问以保证数据的安全；另一方面员工却无法改变过去的习惯。显然，人们对系统的所带来变化的适应过程和程度是不一样的，使用ERP的结果就不确定了，这种不确定性同样会对业务运作产生风险。
第三，流程化的管理进一步密切了部门与部门之间的关系，系统用户必须对自己的每一个业务行为负责，因为它直接影响到其他部门的业务能否顺利进行，并且最终关系到整个企业运作秩序。过去，企业是基于职能部门的管理，各部门的主管只要扫好自家门前雪就行了，而当上了ERP系统，情况就变了。跨职能部门的流程管理使得原先的部门主管变为了某部分流程的所有者。某个环节出现问题，将直接影响到其他流程的运作。过去职能化的管理也许还有绕过变通的方法，而上了ERP系统就非得从每个流程过，系统不认“走后门”。在这种情况下，任何一个环节出差错，就直接影响到后续流程的实施，显然风险特征与过去大不相同了。事实上也说明了这一点，许多上了ERP的企业部门主管不自觉地比以前更需要责任心了。
第四，由于ERP系统使数据的捕捉一次性完成。管理部门对信息质量的控制难度加大，而这些信息最终要成为业务决策的依据。ERP采用的是单一数据库，所有的数据采取一次性单点输入。在过去，企业的数据可能会来自不同部门。比如，库存和采购对某个产品都有统计数据，两个部门可以通过比较发现错误。而上了ERP系统后，某产品入库的具体数量一般只有仓库确认，如果有差错，将直接影响销售、生产、财务等部门的统计。事实上，相比过去，对业务的控制点比以前少了。
项目成本超支风险
造成ERP项目超支的原因在许多媒体上都有分析。原因包括企业变革管理的需要，培训的投入和软件功能无法满足要求而导致的额外开发费用等等。另外，软件系统的客户化和集成也占去整个实际实施费用的一部分。一般来说，在确保ERP标准系统能够满足业务主体需求的情况下，应该尽量避免客户化定制，追求系统完美的与业务需求匹配是不现实的。其它的一些地方也存在导致费用超支的风险，例如低估了程序接口的开发费用，数据转换，报表的开发和反复集成测试等而产生的额外实施费用。除此之外，由于企业特点不同，还会有许多没有考虑到的成本，这些往往隐藏在支撑ERP系统使用所需要的辅助项目中。 项目成本超支风险控制
控制项目超支风险最好的方式是通过明确定义项目的范围，并通过充分利用第三方的实施经验来细化项目支出。由于ERP项目涉及各业务部门，面比较广，项目复杂、周期长。这里可以建议企业尽可能把项目细分成适合控制的小项目，这样即可以使项目能够目标明确，更重要的是项目费用的控制难度可以降低。企业决策者们应该非常清楚地意识到化繁为简，这有助于制定相应的管理机制去面对不确定因素导致的额外费用。项目的超支应该及时充分利用这些机制去预测和证实，以便及早采取控制措施。
BPR对业务运作的风险 对于熟悉过去那些基于单一