管理便利的同时也带来了潜在的风险。由于通过因特网登录，不受空间的限制，任何不正当的用户授权都能导致对系统的非法访问。
第五，ERP系统的高度集成性的一大特点是使用单一的数据库，并且任何数据的输入都是单点的。这一方面保证了ERP系统数据的一致性和减少重复劳动的同时，使各个部门，比如生产、销售、库存和财务能够共享信息。在另一方面，这样的环境中，数据的所有权和维护成为一个问题。如果存在不合适的访问权限的定义，缺乏有效的法规对系统使用的控制，那么系统中的一些机密数据将会变得非常透明，将会可能导致企业的重大损失。
管理风险
除了ERP系统本身的技术特点给企业带来新的管理风险外，ERP系统的使用也对企业的组织管理带来了新的挑战。这些挑战处理不好，同样是企业面临的风险。
首先，由于ERP实行的是流程化的管理，会打破原来的条块分割，势必导致企业组织结构的改变，甚至是对业务流程的重新思考。许多咨询公司在为企业实施ERP时都要求对企业原有的业务流程进行重新设计，重新设计的手段就是减少或合并流程中重复的、不增值的环节。这对企业传统的内部控制产生影响，如果不能很快建立起新的、有效的内部控制，必然对企业的整体运营产生影响。
其次，ERP系统使用会改变企业员工的职权。这种工作角色的转变和适应过程同样具有不确定性。一般来说，人们比较容易接纳外部环境的变化，但当外部环境需要他或她自身改变时，就容易出现抵触情绪。一个企业使用ERP系统一年多以后，企业员工还是希望能够将有的数据以报表的方式打印出来，因为觉得还是看报表方便。矛盾的是，ERP系统提供了具有权限管理的数据访问以保证数据的安全；另一方面员工却无法改变过去的习惯。显然，人们对系统的所带来变化的适应过程和程度是不一样的，使用ERP的结果就不确定了，这种不确定性同样会对业务运作产生风险。
第三，流程化的管理进一步密切了部门与部门之间的关系，系统用户必须对自己的每一个业务行为负责，因为它直接影响到其他部门的业务能否顺利进行，并且最终关系到整个企业运作秩序。过去，企业是基于职能部门的管理，各部门的主管只要扫好自家门前雪就行了，而当上了ERP系统，情况就变了。跨职能部门的流程管理使得原先的部门主管变为了某部分流程的所有者。某个环节出现问题，将直接影响到其他流程的运作。过去职能化的管理也许还有绕过变通的方法，而上了ERP系统就非得从每个流程过，系统不认“走后门”。在这种情况下，任何一个环节出差错，就直接影响到后续流程的实施，显然风险特征与过去大不相同了。事实上也说明了这一点，许多上了ERP的企业部门主管不自觉地比以前更需要责任心了。
第四，由于ERP系统使数据的捕捉一次性完成。管理部门对信息质量的控制难度加大，而这些信息最终要成为业务决策的依据。ERP采用的是单一数据库，所有的数据采取一次性单点输入。在过去，企业的数据可能会来自不同部门。比如，库存和采购对某个产品都有统计数据，两个部门可以通过比较发现错误。而上了ERP系统后，某产品入库的具体数量一般只有仓库确认，如果有差错，将直接影响销售、生产、财务等部门的统计。事实上，相比过去，对业务的控制点比以前少了。
管理风险
除了ERP系统本身的技术特点给企业带来新的管理风险外，ERP系统的使用也对企业的组织管理带来了新的挑战。这些挑战处理不好，同样是企业面临的风险。
首先，由于ERP实行的是流程化的管理，会打破原来的条块分割，势必导致企业组织结构的改变，甚至是对业务流程的重新思考。许