ERP系统实施设计完成后，将进入系统运行阶段，然而在系统的运行过程存在着数据、转换、二次开发、安全等风险。因此我们必须对运行过程中的各种风险加识别并给以控制，来保证系统的安全顺利运行。
一、提高数据的准确性与合理性
据有的专家说：ERP实施是“三分设计、七分管理、十二分设计”由此可见，数据在ERP系统实施过程中的最要性。所以企业运行ERP时，要做数据的收集、数据输入、数据处理的等工作，保证数据的准确性与合理性。
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1.做好数据输入人员的合理分工
由于系统初始化的数据量和种类非常大，如果让一个人或几个人来完成可能会造成数据输入的混乱，为此我们必须在数据输入前做好严格的、合理的人员分工，保证数据输入工作更加有条不紊。比如按照财会、材料、固定资产、生产、库存、订单、供应商、销售、客户等来合理的分组与组内分工。
2.保证数据收集与输入准确性
数据正确性包括两方面的含义。首先，收集到的数据本身必须是正确的（即数据来源是正确的），否则会造成“垃圾进、垃圾出”的数据处理有效率无效果现象；数据本身的正确性更多的依赖于企业各部门数据收集人员，他们应当保证上交数据是正确的，没有遗漏、重复，也没有过时、失实的数据。其次在把收集到的数据输入系统的过程中，不能引入任何附加的错误。
3.寻找数据不准的原因，提高准确性
数据不准确的原因有很多种，主要有：（1）激励机制。在以工时定额为基准的奖励制度下，当操作人员估计当月的奖金数己经差不多了，或打算下月自己要请几天假时，他/她会留下一些工时放到下个月去用，而不如实填报；此外，分配任务的班组长还有可能把工时定额油水大的活安排给与自己关系好的人去做，甚至会打乱了整体计划。总之，以完成工时定额作为发奖金的标准，其指导思想不是以客户满意为中心，因此，必须改革这种不利于数据准确的激励机制。
（2）各个业务人员数据处理不及时。以库存业务为例，如果没有做到“日清月结”，编制计划往往根据的是一个滞后的信息，得出的结论就将是错误的。因此我们一定要制定规范化的“工作准则与工作规程”，来保证数据的正确与实时传递，准确和实时的信息为企业的业务分析和决策提供可靠的保障。
4.在数据准确性的基础上，进一步保证数据的合理性
数据准确不等于这个数据就是合理的。拿“定货批量”这个参数举例，对采购来讲，由于产品设计上的问题，标准化和通用化工作比较差，同一种类型物料的规格过于杂乱，以至于按照每种规格的需求数量定货，由于批量小，会增加采购成本。如果按照供应商要求的最小批量定货，又会造成库存超量。使有些企业上了ERP系统，库存不但未减，反而增加的怪现象。
二、建立完善的系统运行内部控制制度
保证ERP系统的正常运行是一个复杂的系统工程，我们应该根据企业的实际建立起完善的系统运行内部控制度。
1.建立健全的ERP岗位责任制
建立ERP岗位制度，要明确每个工作的职责范围，切实做到事事有人管，人人有专责，办事有要求，工作有检查。ERP岗位设置可以根据企业的实际情况按照不同的思路划分为不同的岗位。比如可以把工作岗位分为基本职能岗位和ERP系统岗位。其中基本职能单位可以设置为销售、生产、库存、采购、财务、出纳、稽核、产品开发、物流、投资、战略等岗位。
ERP系统岗位分为直接管理、操作、维护ERP系统及计算机软、硬件人员等。各企业可以根据内部牵制制度的要求和本单位的工作需要，在保证数据安全的前提下交叉设置岗位，各岗位保持
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