第五，由于项目从职能部门中分离出来，使得沟通途径变得简洁，易于操作，在进度、成本和质量等方面的控制较为灵活。
这种组织结构的缺点：第一，当一个公司有多个项目时，每个项目有自己一套独立的班子，这会造成人员、设施、技术及设备等资源的重复配置;而且为了保证在项目需要时能马上得到所需的专业技术人员及设备等，项目经理往往会将这些关键资源储备起来，使得具有关键技术的人员聘用的时间比项目需要他们的时间更长;第二，当项目具有高科技特征时，由于职能部门对于不属于本部门的项目成员不直接开放，因而调用某些专业领域有较深造诣的人员阻力较多。第三，对项目组成员来说，缺乏一种事业的连续性和保障，项目一旦结束，项目组成员就会失去他们的“家”。
三、矩阵式组织结构
矩阵式组织结构是为了最大限度地发挥项目式和职能式组织的优势，尽量避免其弱点而产生的一种组织结构。它是在职能式组织的垂直层次结构上叠加了项目式组织的水平结构。
作为职能式组织和项目式组织的结合，矩阵式组织可采取多种形式，这取决于它需要偏向哪个极端。如若需要一个强矩阵形式，则它类似于项目式组织，但项目并不从公司组织中分离出来作为独立的单元。项目经理向项目经理的主管报告，项目经理主管同时管理着多个项目，项目中的人员根据需要分别来自各职能部门，他们全职或兼职地为项目工作。这里，项目经理决定什么时候做什么，而职能部门经理决定将哪些人员派往哪个项目，要用到哪些技术，与此同时，职能部门一直进行着它们各自的工作。
矩阵式组织的另一极端是与职能式组织类似的弱矩阵形式。项目可能只有一个全职人员，项目经理和项目组成员不是从职能部门直接调派过来，而是利用他们在职能部门为项目提供服务，项目所需要的计算机软件，产品测试及其他的服务，都可由相应职能部门提供。
在以上这两个极端之间是平衡矩阵形式。
项目和职能部门的职责组合可以有多种形式，当一个部门的某个小组经常为项目提供服务时，一般可将小组作为一个独立的职能单元，例如，多产品制造企业中的质量保证小组可以像承包商一样承担项目的工作，如果将项目作为某个职能部门的一部分显得太勉强，而将项目作为一个独立的单元又太昂贵时，则采取矩阵式组织，项目经理可以从相应的职能部门临时抽调所需要的资源。
矩阵式组织结构的优点可以概括为：一是项目是工作的焦点，有专门的人即项目经理负责管理整个项目，负责在规定的时间、费用、质量要求条件下完成项目;二是由于项目组织是覆盖职能部门的，它可以临时从职能部门抽调所需的人才，所以，项目可以分享各个部门的技术人才储备。当有多个项目时，这些人才对所有项目都是可用的，可大大减少像项目式组织中出现的人员冗余;三是当有多个项目同时进行时，公司可以平衡资源以保证各个项目都能完成其各自的进度、费用及质量要求;四是对客户要求的响应与项目式组织一样快捷灵活，对公司组织内部的要求也能做出较快的响应;同时，在矩阵组织的项目中会有来自行政部门的人员，他们会在公司规章制度的执行过程中保持与公司的一致性;五是项目组成员对项目结束后的忧虑减少，他们一方面与项目有很强的联系，另一方面他们对职能部门也有一种“家”的感觉。
当然，矩阵式组织结构的缺点也是明显的，概括起来有如下一些：首先，多个项目在进度、费用与质量能够取得平衡，这既是优点，也是缺点，因为事实上，在多项目中有主次之分，资源在项目之间流动容易引起项目经理之间的争斗;其次，在矩阵式组织中，项目经理主管项目的行政事务、职能部门经理负责项目的技术与资源支持，但在项目
执行过程中，项目经理必须就各种问题，如资源分配、技术支持等与部门经理进行谈判，如果项目经理在这方面没有很强的能力，就会影响到项目的成功;第三，矩阵式组织违反了命令单一性的原则，项目组成员有两个上司，即项目经理和部门经理，当他们的命令有分歧时，会令成员感到左右为难，无所适从。
四、复合式组织结构
在一个公司中，可以同时存在职能式组织的项目和纯项目式组织的项目，这就是复合式组织结构。这种混合式组织结构使公司在建立项目组织时具有较大的灵活性，但也有一定的风险。同一公司的若干项目采取不同的组织形式，由于利益分配上的不一致性，容易产生矛盾。
在这种混合组织结构中，公司可先将刚启动且尚未成熟的项目放在某个职能部门的下面，当其逐渐成熟并具有一定地位以后将其作为一个独立的项目，最后也有可能发展成为一个独立的部门。