通常，企业可以分成三个管理层次：决策层、管理层、项目层。
项目层的主体是项目组，这是项目执行的责任单位，是项目管理的具体实践者。
管理层通常是项目组隶属部门的管理者、项目管理部门（PMO）、质量控制部门、财务-计划-采购等职能部门、掌握资源分配的资源管理者等。管理层制定项目执行管理的规则和程序，并监督规则和程序的执行，解决出现的问题和意外情况。管理层是组织级项目管理体系的构建者，也是组织级项目管理体系的执行者。
决策层是高层领导。对于项目型业务，项目的绩效对于企业的绩效有着决定性影响，因此决策层也需要时刻掌控项目进展，不断的协调和平衡项目的资源分配，随时做出决策。
在决策层，项目管理软件是项目执行透明化、掌握数据科学决策的支撑工具。在管理层，项目管理软件是固化企业级项目管理体系的的工具。在项目层，项目管理软件是项目经理和项目团队执行项目的工具。很显然，项目层、管理层、决策层对于项目的关注角度是不同的，因而对于项目管理软件也有完全不同的需求。而项目运行管理，这是集中在“决策层、管理层”两个层次的管理，从而构建企业组织级项目管理的基础框架。