要明确团队成员汇报关系，以及对什么职责和任务进行汇报。矩阵型组织结构中的项目团队成员有两层汇报关系：临时性的项目经理（业务上）及相对永久性的部门经理（行政上），一般说来，这些人员对他们所在的部门有较牢固的忠诚，但项目团队也需要他们的忠诚奉献。
另外，必要时应通过调整项目成员的配备来调节双方的矛盾。
最后，为了达到整个组织在时间、费用及效能之间更好的平衡，项目经理与部门经理进行有效的沟通是十分必要的。要根本解决双方之间的冲突时，项目经理及部门经理必须共同站在企业的高度上对项目加以认识及理解，了解项目所在的企业，了解企业所处的环境，这样才能对项目重要性、对资源的需求，以及资源的可获得性有一个更充分的认识，从而管理好项目。因此，若项目经理仅仅关心自身项目的完成，或者部门经理只注重本部门的小利益时，牺牲的是企业的利益，最终也必然阻碍项目执行，同时损害部门利益。
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