矩阵型组织是是职能型组织和项目型组织结构的混合体，它既有项目型组织结构注重项目和客户的特点，也保留了职能性组织结构的职能特点。组织机构作为项目管理的组织保证，对项目的成败起着决定性的作用，因为组织结构是项目管理的骨架，它担负着沟通信息，下达指令、协调矛盾、统一步调，组织运转和决策的重任。一般说来，同时有多个规模及复杂程度不同项目的公司，适合采用矩阵型组织结构。
在矩阵型组织中，来自各个职能部门的人员在可以为某一个具体项目专职工作，也可以同时在两个或更多个项目中兼职工作。由于人员属于职能部门，他们能够为适应项目的变化需要而在各项目间流动。例如某个项目因为用户要求暂时停工，或者其它项目进度吃紧时，就可以将项目成员调配到其他项目中去。这样通过在项目间共享人员的工作时间，可以充分利用资源，全面降低公司及每个项目的成本。
另外，在矩阵型组织中的基础核心职业技能可供所有项目共享，这样这些技能就能得到很好应用。同时，由于项目团队成员可以通过两条渠道向项目经理和部门经理反映情况，从而可以更及时的发现问题，提醒注意的潜在危险，提高反应能力。
当公司接到新任务订单后，项目副总裁将为项目委派一位项目经理。一个项目经理可以同时管理几个小项目，但大型的项目就要有专职的项目经理来负责。接下来项目经理就要与有关职能经理协商，从各个部门中为项目分配工作人员。这些人员根据实际需要为项目工作一定时间，其中部分人员专职为项目工作，其他人员只为项目某一部分工作，甚至只在项目中出现一两次，这要根据项目何时需要他们的技术以及项目预算允许他们工作时间长短而定。如果项目人员未被利用的时间累计很多，那么，即使每个项目在预计的时间内完成，公司也可能亏损。因此在其他项目即将结束的同时，公司应不断获得新的项目，以便使员工有较高的实际工作时间率。从行政关系上来说，项目经理与部门经理处于同一地位，同时均领导着项目成员，这样便出现了“多头领导”现象，必然导致在涉及到项目优先次序，资源配备（包括人员、资金、时间等）等问题上造成冲突。
要解决这一问题，首先从企业内部应明确项目经理与职能经理的职责，保证在项目经理与职能经理间适当的权利平衡。
在矩阵型组织中，项目经理是公司与客户之间的媒介，项目经理的职责是确定做什么（工作内容、何时完成、进度计划）、多少费用（预算）等问题，以实现项目目标、使客户满意。他应作好工作结构分析（WBS），确定那些工作由公司内部完成，那些工作由承包商完成。同时组建项目团队，制定进度计划及预算，为公司相关部门划分具体工作任务、工作界面和预算，并监控项目有关部门执行情况，确保项目目标完成。
而部门经理的职责是决定如何完成好项目经理分配给本部门的任务，并确定每项任务由谁负责。组织结构中每个职能经理要在技术上指导和领导项目中的本部门工作人员。同时他有责任确保该部门承担的所有任务都能在给定的预算范围内，按照项目的质量及技术要求准时完成。部门经理一定要对他部门内人员的工作任务保持监控，并根据各个项目情况的变化――如进度拖延或客户要求作出变化等，进行重新配置。如果项目进度落后，无法按客户要求日期完成，使项目陷入困境，部门经理可以同项目经理协商，从正常工作的一些项目中调派人员补充到这些项目中去。
其次，当两者之间的冲突难以解决时，就必须有更高层的管理人员出面解决。这里项目副总裁，作为项目经理的汇报对象，也是职能经理的行政领导，在矩阵组织中的角色十分重要。例如他可以解决组织内两三个项目间在先后次序上的冲突，并对冲突进行仲裁。