承担单位应当分析预算执行率所产生原因和存在问题的基础上，制定适合本单位科研项目结余资金的具体管理办法，切实尽所能的提高经费预算执行率。
3.2 促进科研项目预算管理精细化
提升预算编制的准确性，从源头上控制好科研项目经费的精细化编制。申报科研项目要进行充分的可1和沟通，项目负责人最好能召集科技管理部门、国有资产管理和财务人员进行研讨整理，提升预算编制的合理性，将预算细化到具体支出科目，切实将申请的经费能够合情合理合法的使用。
在科研项目经费具体研究过程中，项目负责人依据科研项目进行的情况，详细制定经费使用规划，并将下一步的工作方案及时通知财务人员和科技管理部门。财务人员和国有资产管理部门能够及时掌握科研项目的进展情况，及时的实施采购计划，进行招投标等工作，在完成设备购置和合同签订的同时，保障了科研项目工作的顺利进行，同时财务也能都随时统计和掌握应付款和未付款的项目经费，并告知项目负责人抓紧时间与相关单位沟通及时结算，精确的反应科研项目的开支情况，提高经费的执行率。
3.3 建立科研项目经费执行率奖励机制
科研项目管理单位应当建立经费执行率奖励制度，提升实验室和大型仪器设备的使用率，优化科技资源配置，提高科研经费的使用效益。因为节约和提升经费使用效率，执行率比较好的科研项目应当给予配套奖励，科研主管单位对科研项目的奖惩措施比较宽松，不能仅仅表扬先进，将奖励落实到实处，而将惩罚措施放置在纸面上。对于那些当年执行进度缓慢、预计年底可能形成较多结转或结余资金的项目，财政部门审批后及时调减，对于常年累计结余资金规模较大，应当给予压缩其当年预算，有结题不结账的科研项目应当及时收回其科研经费。只有奖励和惩罚相结合，才能带来双重的效果。同时财务和科技管理部门还要严格遵守国家相关法律法规和会计制度，严禁借助提高预算执行率名义，弄虚作假，虚列支出，挤占挪用项目资金。
3.4 加强外部交流
加强单位之间业务部门信息沟通，及时了解科研项目横向合作的进展情况，快速反应协调解决项目进展中存在的问题，积极推进项目进展。对于进度拖延的项目，要注重谋划、精心组织，精细的考虑计算后续工作中存在着困难，执行详细工作计划。特别是对那些协作项目有些滞后的课题，要有重点，有目标的进行跟踪、督查，多花些力气和时间进行推进，促进其加快速度，合理提升科研项目预算执行率。
加强科研项目预算执行率过程的监督和控制，不但能够严格控制经费的支出严格按照预算批复的进行，还能够提前对下一步的预算进行调整和变更提供预设方案，确保在变更的同时，预算经费执行率的提升，在减少了科研项目经费为提升执行率而出现“突击花钱”现象的同时，使得科研经费能够合情、合理、合法得使用，提高科研项目资金的使用效率和效益。
在对科研项目预算执行率出现诸多问题的总结，探讨出预算经费执行率不高的制约因素，并提出了一些解决方案。通过财务管理政策的制定和实施，主管单位对科研项目经费的积极管理，项目组、科技管理部门和财务部门能够协调统一融合，畅通项目执行信息。