6、选择均衡方案。
例如，当公司接到新项目后，分管项目的副总裁将为项目委派一位项目经理。一个项目经理可以同时管理几个小项目，但大型的项目就要有专职的项目经理来负责。接下来项目经理就要与有关职能经理协商，从各个部门中为项目分配工作人员。这些人员根据实际需要为项目工作一定时间，其中部分人员专职为项目工作，其他人员只为项目某一部分工作，甚至只在项目中出现一两次，这要根据项目何时需要他们的技术以及项目预算允许他们工作时间长短而定。如果项目人员未被利用的时间累计很多，那么，即使每个项目在预计的时间内完成，公司也可能亏损。因此在其他项目即将结束的同时，公司应不断获得新的项目，以便使员工有较高的实际工作时间率。从行政关系上来说，项目经理与部门经理处于同一地位，同时领导着项目成员，这样便出现了“多头领导”现象，必然导致在涉及到项目优先次序，资源配备（包括人员、资金、时间等）等问题上产生冲突。
四、如何解决这一问题呢？
首先从企业内部应明确项目经理与职能经理的职责，保证在项目经理与职能经理间适当的权利平衡。
在矩阵型组织中，项目经理是公司与客户之间的媒介，项目经理的职责是确定做什么（工作内容、何时完成、进度计划）、多少费用（预算）等问题，以实现项目目标，使客户满意、使领导满意。具体的工作内容包括：作好工作结构分析（WBS），确定那些工作由公司内部完成，那些工作由承包商完成；同时组建项目团队；制定进度计划及预算，为公司相关部门划分具体工作任务、工作界面和预算；并监控项目有关部门执行情况，确保项目目标完成。
而部门经理的职责是决定如何完成好项目经理分配给本部门的任务，并确定每项任务由谁负责。具体的工作内容包括：在技术上指导和领导项目中的本部门工作人员；确保该部门承担的所有任务都能在给定的预算范围内；按照项目的质量及技术要求准时完成。部门经理是部门内人员的工作任务的监控者，并根据各个项目情况的变化――如进度拖延或客户要求作出变化等，进行重新配置。如果项目进度落后，无法按客户要求日期完成，使项目陷入困境，部门经理可以同项目经理协商，从正常工作的一些项目中调派人员补充到这些项目中去。
其次，当两者之间的冲突难以解决时，就必须有更高层的管理人员出面解决。
这里分管项目的副总裁，作为项目经理的汇报对象，也是职能经理的行政领导，在矩阵组织中的角色十分重要。
最后，要明确团队成员汇报关系和汇报内容。
矩阵型组织结构中的项目团队成员有两层汇报关系：临时性的项目经理（业务上）和相对永久性的部门经理（行政上）。一般说来，这些人员对他们所在的部门有较牢固的忠诚，但项目团队也需要他们的忠诚奉献。
只有了解了项目所在的企业和企业所处的环境，才能对项目重要性、项目对资源的需求，以及资源的可获得性有一个更充分的认识，才能够共同管理好项目。相反地，假如项目经理仅仅关心自身项目的完成，或者部门经理只注重本部门的局部利益，那么牺牲的一定是企业的整体利益，最终也必然阻碍项目的执行，损害部门的利益。为了达到整个组织在时间、费用及效能之间更好的平衡，项目经理与部门经理进行有效的沟通是十分必要的。要根本解决双方之间的冲突时，项目经理及部门经理必须共同站在整个企业的高度上对项目加以认识和理解。