，项目经理主管项目的行政事务、职能部门经理负责项目的技术与资源支持，但在项目执行过程中，项目经理必须就各种问题，如资源分配、技术支持等与部门经理进行谈判，如果项目经理在这方面没有很强的能力，就会影响到项目的成功;第三，矩阵式组织违反了命令单一性的原则，项目组成员有两个上司，即项目经理和部门经理，当他们的命令有分歧时，会令成员感到左右为难，无所适从。
四、复合式组织结构
在一个公司中，可以同时存在职能式组织的项目和纯项目式组织的项目，这就是复合式组织结构。在这种混合组织结构中，公司可先将刚启动且尚未成熟的项目放在某个职能部门的下面，当其逐渐成熟并具有一定地位以后将其作为一个独立的项目，最后也有可能发展成为一个独立的部门。这种混合式组织结构使公司在建立项目组织时具有较大的灵活性，但也有一定的风险。同一公司的若干项目采取不同的组织形式，由于利益分配上的不一致性，容易产生矛盾。
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