就项目这种一次性任务的组织而言，客观上同样存在着组织设计、组织运行、组织更新和组织终结的寿命周期，要使组织活动有效地进行，就需要建立合理的组织结构。组织结构，是反映生产要素相互结合的结构形式，即管理活动中各种职能的横向分工与层次划分。由于生产要素的相互结合是一种不断变化的活动，所以，组织也是一个动态的管理过程。
在建立组织结构时，必须注意以下五个基本原则：一是组织结构必须反映公司的目标和计划;二是必须根据工作任务需要来设计组织结构;三是必须能保证决策指挥的统一;四是必须有利于全过程及全局的控制;五是必须考虑各种报告、汇报的方式、方法和制度。
除了上述一般组织的设计原则，项目的组织结构还必须遵守以下特殊的组织原则：一是项目的性质和规模。项目组织结构是为了有效地实施项目的任务而采取的一种组织手段，所以它必须适应项目的性质与规模要求。二是项目在公司中的地位与重要性。由于公司拥有的资源是有限的，而且一般都要同时承担多个项目，每个项目对公司效益的影响不同，对于特别重要的项目，公司需要调用各方面的力量来保证其目标的实现，而对于那些相对重要性不大的项目，则可以委托某一部分人或某一部门去自行组织。
根据以上项目组织结构的设计原则，项目管理中常见的组织形式有以下三种类型：
一、职能式组织结构
层次化的职能式组织结构是一个金字塔形的结构，高层管理者位于金字塔的顶部，中层和低层管理则沿着塔顶向下分布。一个项目可以作为公司中某个职能部门的一部分，而这个部门应该是对项目的实施最有帮助或最有可能使项目成功的部门。该部门的负责人就是这个项目的行政上级。
这种结构的优点是：首先，在人员使用上具有较大的灵活性，只要选择了一个合适的职能部门作为项目的上级，该部门就能为项目提供它所需要的专业技术人员，而且技术专家可以同时被不同的项目所使用，并在工作完成后又可以回去做他原来的工作;其次，在人员离开项目组甚至离开公司时，职能部门可作为保持项目连续性的基础;第三，职能部门可以为本部门的专业人员提供一条正常的晋升途径。
这种结构的缺点：一是技术复杂的项目通常需要多个部门的共同合作，但这种组织结构在跨部门之间的合作与交流方面存在一定困难;二是这种组织结构使得客户得不到应有的关注，因为职能部门有自己的日常工作，使项目和客户的利益得不到优先考虑;三是职能部门的工作方式常常是面向本部门活动的，而一个项目要取得成功，其采取的工作方式必须是面向问题的;四是调配给项目的人员的工作积极性往往不是很高，项目任务不会被视为是他们的主要工作，有的甚至将项目任务当成额外的负担;五是在这种组织结构中，有时会出现没有一个人承担项目的全部责任，往往是项目经理只负责项目的一部分，另外一些人则负责项目的其他部分，最终导致协调困难的局面，这种困难局面会对客户要求的响应变得迟缓和艰难。
二、项目式组织结构
项目式组织结构是将项目从公司组织中分离出来，作为独立的单元来处理，有其自己的技术人员和管理人员。
项目式组织结构的优点：首先，项目经理对项目全权负责，因此他可以全身心地投入到项目中去，可以调用整个组织内部与外部的资源;其次，项目组织的所有成员直接对项目经理负责，每个成员只有一个上司，避免了多重领导、无所适从的局面;第三，权力的集中加快了决策的速度，使整个项目组织能够对客户的需要和高层管理的意图做出更快的响应;第四，项目的目标是单一的，项目组成员能够明确理解并集中精力于这个单一目标，团队精神能充分发挥;