近年来，我国财政科技投入总量逐年增长，但仍不同程度地存在着资源配置不尽合理、资金损失和浪费的现象。按现行科技项目的管理方式，单位和个人申报的国家或地方科技项目只要通过评审、评估，都能得到财政资助，不论完成的科技成果质量高低，基本上都能通过验收。因此，科技界普遍存在的重申报、轻研究的风气极大地影响了科学研究的质量。开展科技项目绩效考评，根据考评结果调整财政科技投入的领域和方向，可以提高财政经费的使用效率；把考评结果作为政府部门安排科技项目的重要依据，可以引导科技界把提高科研工作的质量水平放到重要位置。
随着我国公共财政体制框架的建立和各项财政制度改革的稳步推进，建立财政支出绩效考评、部门绩效考评和综合绩效考评四个层次，科技项目绩效考评可以分为：项目绩效考评、机构绩效考评、部门绩效考评和综合绩效考评四个层次，科技项目绩效考评则属于财政支出项目绩效考评范畴。本文针对当前科技项目管理的特点,在借鉴国内外科技项目绩效考评经验和调研咨询\分析研究的基础上,提出了科技项目绩效考评的方法、考评指标、评价标准的确立和考评的具体程序
科技项目不同于工程建设项目，也不同于通常意义的政府采购项目。与一般的工程建设项目相比，目前对科技项目的评价缺乏技术规范、质量标准和成本信息，很难进行技术水平、质量水平和成本合理性的定量评价。与政府采购法中规定的实物项目相比，科技项目对质量的要求高于价格要求，定量的质量评价要求科技项目的管理从任务书的内容到验收报告的结论，都要对质量水平有详细、明确的记录。然而，纵观我国科技项目管理的现状，还很难达到定量评价科技项目质量水平的要求。
当前我国对科技项目经费的审计工作，也主要考虑资金使用是否符合相关规定，而对于科技项目实施结果所体现的资金使用效率，则一般不做评价。针对当前我国科技项目管理的上述情况，在借鉴国内外科技项目绩效考评经验和调研、咨询、分析研究的基础上，我们提出并尝试用以下方法对科技项目进行绩效考评。
1、综合评价科技项目绩效
由财政资金安排的科技项目，按管理部门分类，可分为国家项目、部门项目和地方项目；从研究的目标出发，可分为战略性研究项目、自由探索性研究项目、公益性研究项目、条件建设项目和产业化项目等；从项目的科技活动性质分析，可分为基础研究项目、应用研究项目、试验与发展项目等；从研究内容的重要程度和经费需求的大小划分，可分为重大项目、重点项目和一般（面上）项目等等。评价不同类型科技项目绩效的着重点不完全相同。
政府资助的重大、重点科技项目大都包含项目和课题两个层次，有的还进一步分为专题、子课题等三四个层次。课题研究的质量是整个项目完成质量的基础。因此，项目考评必须包括课题考评的内容。我们分别设计项目和课题考评指标体系，运用综合评价方法，通过项目和课题两个层次的考评来综合评价科技项目的绩效。项目和课题的评价指标体系都设计成三级，其中一级和二级指标完全相同。对于同一个二级指标，课题的三级指标小于或等于项目的三级指标数，对二者都包含的三级指标的名称，内容则完全相同。在综合评价时，可以将课题缺少的三级指标的分值处理为零。将相应的课题考评分值计入项目考评之中，从而保证项目总评价的全面性和合理性。
考评指标包括业务评价指标和财务评价指标。业务评价是对科技项目（课题）专业活动开展过程及结果的评价，财务评价是对科技项目（课题）经费支出管理的评价。在业务评价的三级指标中有针对所有类型项目的“共性指标”，也有针对不同类型项目的“个性指标