对于企业来说，项目运作已经是非常常见的业务开展模式，但是即使是哪些经验丰富的决策者也很难选定适合企业的项目组织形式，这一选择是根据具体的情况决定的，有时也会靠直觉而定。职能组织适于那些注重技术的使用深度，而不是关注成本最小化，满足特定进度要求，提高对变化的反应速度的项目。同时，对那些通常由职能部门使用的设备和场所进行大量投资的项目，也采用这种组织形式。
如果公司从事的大量项目都较相似(如施工项目)，那么纯项目型组织便是首选。这种形式一般适合完成一次性、独特的并需要周密控制的任务，但对于像开发新生产线这样单一职能领域的任务就不适用了。在这方面还是存在一些可接受的设计原则，虽然没有为决定采用何种结构以及如何建立这种结构做成详细说明的步骤程序，我们所能做的便是认真分析潜在项目的性质，各种组织形式的特点及优势和劣势，企业文化倾向，以及所能做出的最佳折中方案。
如果项目的开展需要多个职能部门的协调并设计复杂的技术问题，但有不要求技术专家全日制参与的话，矩阵型组织是唯一令人满意的选择，尤其是若干项目需要共享技术专家的情况下作用更加明显，不过它的复杂性对项目经理是一个挑战。
理解了各种组织形式的优缺点，企业才能选择更有效的组织形式。组织形式选择的步骤可以概括为以下几步：
1、通过对项目目标的描述来定义项目的预期产出;
2、确定于每个项目相联系的主要任务及负责机构;
3、对关键任务进行排序，并进行工作分解;
4、确定工作实施部门以及相关协调部门;
5、列举特定和项目条件，如技术水平、持续时间、项目规模、人员问题、不同部门之间的政治分歧以及其他相关问题，包括公司在用不同的组织形式管理项目方面的经验;
6、结合以上各项，通过掌握各种组织形式的优点和缺点，最终选择一种组织形式。
首先是确定目标，其次是列出与项目目标相对应的任务，对每一项任务要明确应负责的职能单位，这是开展项目的基本要素。问题的关键是如何组织他们，如何使他们更好地、一致地工作，然后考虑的是项目实施人(项目团队)、个人素质、技术因素、服务的对象、职能部门间的关系、公司的文化背景等，公司的内外部因素应考虑进去。所以要对项目组织结构进行选择，要先确定项目性质、这就需要制定一份项目初步的、严密的计划。