多项目管理区别于单项目管理的关键在于我们更关心的是所有项目目标的实现。多项目管理是一种有效利用企业资源、确保企业所有项目目标均能实现的科学管理方法。除了要解决好单个项目管理固有的各种问题外，还应着重解决多个项目同时进行集中管理而引发的新矛盾，而在资源有限的情况下，这种矛盾表现得更加突出。
这些新的矛盾包括项目组织或项目经理与职能(业务)部门或部门经理之间的矛盾，各项目之间为争夺资源而引发的冲突，以及同时对多个项目实施管理带来的发现问题、解决问题的实时性及有效性下降等突出问题。
结合中国空间技术研究院及总装环境工程部项目管理的现状，对于多项目管理过程中常见的组织冲突问题，或者是项目经理(负责人)与职能经理(或业务部门负责人)之间的矛盾问题，有必要进行研究并提出针对性的解决措施，从而在实际工作中对多项目管理提供指导。
一、存在的问题
当我们接到新的型号任务后，将选择一位项目负责人作为项目经理，接下来还要从各个部门中抽调人员及其它资源为项目工作，这时除了固有的“刚性”组织(职能部门或业务部门)外，又诞生了一个“柔性” 组织(项目团队)。
在空间技术研究院，对于项目管理的组织形式是矩阵式管理，对于上述两种组织的表现形式在空间技术研究院就是项目办与工程部或厂所的关系，而在总装与环境工程部内的表现形式就是项目组和各机关或研究室的关系。
从行政关系上来说，项目组织或项目经理与职能(业务)部门或部门经理处于同一地位，同时领导着项目和参与项目的成员;从管理角度来说，便出现了“双重领导” 的现象，必然导致两个组织在涉及到项目优先次序、资源配备(包括人员、资金、设备、场地)等问题上出现冲突。
二、解决措施
1.明确项目组织或项目经理与职能(业务)部门的职责
在矩阵型组织中， 项目组织或项目经理是企业与用户之间的媒介，职责是确定做什么(工作内容、何时完成、进度计划)、多少费用(预算)、需要什么资源等问题，以实现项目目标、使用户满意，同时组建项目团队。他应做好工作分解结构(WBS)，制定进度计划及预算，为相关职能(业务)部门划分具体工作任务、工作界面和预算，并监控项目有关部门执行情况，确保项目目标完成。
职能(业务)部门或部门经理的职责是决定如何完成好项目经理分配给本部门的任务，并确定每项任务由谁负责。在组织结构中，每个部门经理要在技术上指导和领导项目中的本部门工作人员，同时有责任确保该部门承担的所有任务都能在给定的时间和预算范围内按照项目的质量及技术要求完成。部门经理也一定要对其部门内人员的工作任务保持监控，并根据各个项目情况的变化，如进度拖延或任务变更等进行重新配置人员。如果项目进度落后，无法按用户要求日期完成，使项目陷入困境，部门经理可以同项目经理协商，从正常工作的一些项目中调派人员补充到这些项目中去。同样，作为仪器、设备、场地等资源管理的职能部门，也要根据项目的具体情况综合调配资源。也就是说，职能(业务)部门(或部门经理)应该加强综合管理。
2.明确项目组织或经理与职能(业务)部门或经理的权责
跨部门的项目活动由项目组织或项目经理负责，职能(业务)部门内的项目活动由部门经理负责。项目经理负责对职能部门(业务部门)及主要项目人员的激励及绩效评估，部门经理负责对部门内项目参与成员的激励及绩效评估。项目间的资源调配由相应的职能部门(业务)经理负责。若项目组织或项目经理对各部门的权责划分清晰、合理，而某部门未按要求完成相关的项目目标，则责任在部门或部门