在地方财政压力较大的情况下，在公益的归公益、市场的归市场的清理归类中，这种中低利润的环保项目面临着极大的挑战，融资难度进一步加大，但这些环保项目往往又是环境保护极为需要的。
PPP(Public-PrivatePartnership)即政府和社会资本合作模式，PPP模式在环境保护中的运用分为三个层次：
第一，环保项目层次，如大型污水处理厂、垃圾焚烧发电厂的PPP模式;
第二，环保产业层次，即在某一环保产业建立PPP环保产业基金，如PPP土壤修复基金;
第三，区域或者流域环境保护层次，如PPP模式生态城建设基金、PPP模式流域水环境保护基金等。PPP区域环保基金最大的特色就是可以解决中低利润环保项目的融资困境，而且这种创新的PPP环保基金可以实现政府资本、社会资本和环保企业三方的利益共赢。
一、单一环保项目的PPP模式
单一环保项目的PPP模式的产生，是伴随着基础设施民营化的建设而发展的。环境保护领域的很多项目，都属于基础设施建设，最早是城市污水处理厂。因为这些环保基础设施都属于大型投资类项目，一个污水处理厂的投资经常高达十几亿元，所以，需要采用项目融资方式，组建项目公司，专项管理项目投资资金并组织建设和运营，而投资回报也是基于项目本身产生的收益，与母公司没有关系，比如，污水处理厂主要是通过污水处理费来回收投资并获得利润。2002年，原建设部颁布《关于加快市政公用行业市场化进程的意见》，开始在市政公用领域推行特许经营。此后，原建设部先后颁布了《市政公用事业特许经营管理办法》、《关于加强市政公用事业监管的意见》和《特许经营协议示范文本》，为PPP模式在这一领域的应用铺平了道路。
目前，污水处理厂、垃圾焚烧发电厂采用的基本是PPP模式项目融资。中央和各级政府加大资金投入，鼓励推行PPP模式，极大地推动了城镇环境基础设施建设，城市生活污水处理厂数量由2002年的537座增加到2012年的3340座，污水处理率由2002年的40.0%提高到2012年的87.3%;垃圾无害化处理率由2002年的54.2%提高到2012年的84.8%，大中型城市基本做到了污水垃圾处理全覆盖。同时，由于实施了PPP模式，培育了一批专业化的环境服务公司，促进了环境技术创新，提升了环境基础设施的建设和管理水平。
但也存在一些急需解决的问题，其中最重要的就是环境服务价格缺乏调整机制。比如，有些地方污水处理服务价格，并未因国家提高污水排放标准而相应提高，也未考虑污泥处置成本，更未涉及污水处理设施的升级改造和更新维护，而是一味地要求运营企业自行承担由此而增高的运营成本，致使其财务不可持续。
二.PPP模式环保产业基金
PPP模式环保产业基金，是指财政资金参与市场的环境保护产业基金，扶持和引导其投向环境保护的企业和产业。根据国家发改委发布的《产业投资基金管理暂行办法》，产业投资基金是指一种对未上市企业进行股权投资和提供经营管理服务的利益共享、风险共担的集合投资制度，通过向投资者发行基金份额设立基金公司，由基金经理自任基金管理人或另行委托基金管理人管理基金资产，委托基金