项目治理是一种多层次的机制。从实践角度，项目治理确保一个项目根据一个特定项目型组织的标准而得以执行，而一个好的治理结构不会限制项目经理灵活行动和适应意外变更的能力，相反，它会帮助项目经理确定项目优先级。也就是说，不同层次的分析需要不同的治理模型，并且深层机制在很大程度上依赖对组织背景的假设以及项目本质和项目运营方式。因此，我们提供了一种围绕治理的不同层次的概念框架，这种框架对现有治理理论如何更好应用于项目治理背景提供了可行的建议。
1、项目层次
在单项目层次，项目治理主要关注确保以正确方式管理项目，从而交付正确的产品，并且要确保产品能产生期望的收益。因此，通过建立对单项目进行管理的首要框架，项目治理与项目管理密切相关。这种框架包括由更高层次的项目型组织施加的几种治理机制，比如结构控制与规划机制以及像信任和授权这样的关系机制。项目层次的项目治理对项目管理有直接影响，并且对各种干系人期望的项目具体目标的交付也有直接影响。
因此，在项目层次上，项目管理是项目治理的组成部分，此时的项目治理在项目层次上负责运营控制和日常项目工作的执行。换句话说，项目管理主要关注满足一个特定项目的战术目标。成功的项目有助于在项目型组织中项目集或项目组合层次上实现更大范围的战略目标。
2、组织层次(公司治理)
在组织层次，即与项目有关的最高层次，项目治理被描述为项目型组织的公司治理，也就是定义公司目标，发起项目、项目集和项目组合管理作为实现公司目标和监督进展的手段。绩效和绩效目标属于战略本质，它们主要关注长期影响和项目型组织的竞争力，包括对社会的影响、对外部干系人或股东的收益以及所从事项目的可持续性。
在这个层次上，项目治理通常关注收集关于项目组合的及时、有关、可靠的报告，以便向高级管理层和董事会成员提供在更高的项目型组织层次支持他们决策流程的信息，这是因为有效率的报告流程在整个组织内会最小化报告负担而无损于效果。
因此，项目治理是成功交付项目的重要和有用方面，这超越了纯粹的组织控制和规划，从而它应被用做合作和反馈的推动因素。
3、连接组织与项目的层次(如PMO)
在项目型组织的这个中间层次，项目治理的主要任务就是连接公司治理与一个特定项目的治理，并且关注两个关键问题：①定义项目、项目集和项目组合的目标;②定义交付项目的项目管理能力。这种层次的典型代表就是项目管理办公室(PMO)，PMO被定义为一种规范与项目有关的治理流程并促进资源、方法、工具与技术分享的组织结构。
PMO旨在建立、发展和持续改进项目管理能力，从而提升项目管理成熟度。PMO层次是一种在项目型环境突出的中间组织结构，这是由于在公司层次需要使项目、项目集和项目组合与战略目标一致。这进一步包括跟进和评估项目，协调分配资源以确保组织能力得到发展，从而使项目、项目集和项目组合成功完成。