由学校内部的施工部门占据的，这些施工部门在各高校有不同的称呼，有的叫总务处修缮科，有的叫总各处房修科，无论称谓如何，其性质都是相似的。当时，受计划经济的影响，学校内部建筑工程项目是由学校直接委派给总务处施工部门进行施工，有些工程就省略了工程的扣投标阶段。学校的后勤部门也理所当然地认为维修改造工程就应该由后勤来完成，至于如何来管理，则由后勤施工单位根据工程量的多少，工程施工进步要求进行安排。有时如果工期要求的短，施工单位可能直接进入施工阶段甚至省去了设计阶段，工程实施过程中的管理也是由施工部门的技术人员进行现场管理。在这种施工状态下，缺乏对工程质量、工程造价等工程目标有效的监控机制，这样的工程可以说没有什么“项目管理”而言。
最后便是高校基本建设管理模式与工程项目管理的发展要求不相适应以及高校新建工程项目经费控制措施不到位
高校基本建设管理，就目前的现状看，大多由学校的行政职能部门-基建处（科、办）来进行管理，若遇到校区扩建或者建设规模较大的工程则由临时组建的基建班子负责组织实施。随着工程建设活动越来越市场化，这种管理上的缺陷已日渐明显。
高校工程项目经费的来源渠道基本是国家财政拨款或学校自筹，但由于这些年，学校对工程项目建设的急需，使得许多工程匆匆上马，工程项目实施的前期工作不细致，导致后期被动，工程实施阶段出现大量的洽商，概算超估算，预算超概算，结算超预算的现象。