和国外相比，中国在上一世纪七十年代才开始修建地铁。地铁工程的工期、质量以及成本管理尚未形成系统理论与方法。同时，和其他重点工程一样，当一个城市要修建地铁时，才组建成立地铁公司。缺乏系统理论与方法指导下的地铁工程项目管理仍处于粗放管理状态。而地铁工程由于多是在城市地下开展，且本身施工工艺复杂，施工边界条件多变。无论是设计单位、承包商，在地铁工程方面的经验积累不多。所以，在实现地铁工程项目的目标过程中，成本控制成为主要难点。如何通过有效的方法控制投资，如何降低工程管理人员在项目管理过程中的腐败现象所带来的管理风险，是地铁工程和其他大型工程建设管理单位所面临的巨大挑战。
考虑目前的地铁工程管理的状态，地铁建设管理单位的当前管理策略更适宜定位于稳健与效率兼顾，不断提升专业管理水平，为今后的高效项目管理打好基础，为培养高素质、复合型项目管理人员做好铺垫。基于以上考虑，对于当前中国地铁工程合同管理组织模式来说，矩阵式组织模式是最佳选择。
矩阵式组织模式是指项目的工期与质量管理、合同商务管理、预算成本管理分别由三个不同部门负责，其中以进行工期与质量管理的工程管理部门为主，合同商务管理部门与预算成本管理部门提供专业支持与服务。即一个具体项目由一个项目小组来管理，项目小组分别由来自上述三个不同部门的人员组成，工程管理部门人员为项目经理，商务经理与预算管理经理协助项目经理进行管理。
在矩阵式组织模式中，来自不同部门的项目小组成员不是被全职指派到一个项目。可以同时兼顾管理多个项目。要成功完成本项目的管理，项目经理必须获取该项目的合同商务经理与预算管理经理足够的支持。要实现项目目标，必须由来自工程、合同、预算三个部门人员组成的项目小组共同努力。
矩阵式项目管理组织模式的优点是：
（1）通过合同商务管理与预算成本管理部门人员介入，形成管理权力的分散与制衡，降低了管理人员腐败的风险。
（2）合同商务管理与预算成本管理部门通过共享管理资源，降低管理成本；
（3）通过合同、预算两个职能部门内部人员的互动、沟通，经验共享，能够积累与不断提升整个建设管理单位的合同商务管理、预算成本管理水平；
（4）对于合同变更和其他纠纷，能够比较快做出反应，同时确保同一类合同变更在同类项目不同承包商之间处理的一致性；
（5）对复杂、系统的地铁工程项目，集中式的合同管理更易于处理相互关联的不同项目之间的接口；
（6）当一个项目完成时，项目组人员的工作不会因为去向问题受到影响；这种模式对建设管理单位提出的挑战是：如何界定合同管理过程中各部门职责，确保部门之间界面清晰，减少部门之间冲突，使项目管理效率受到最小程度的影响。作为项目管理的重要综合管理手段，合同管理在该模式的恰当运用中直接关系到工程项目管理的成功与否。
4 清晰界定合同商务管理、预算成本管理部门在合同管理全过程中职责分工是项目合同管理成功的关键。
根据地铁工程项目管理生命周期，结合合同管理的阶段性，项目的合同管理工作可分为图表二所示的五个阶段。明确上述三个部门定位、清晰界定其参与合同管理全过程中职责分工是项目合同管理成功的关键。
在合同管理过程中，工程管理部是实现项目目标的主要责任部门。对整个地铁工程进行工期总策划，制定工程的工期、质量管理等制度。提出并管理项目的技术需求，对工程的工期、质量直接进行管理，对合同款的支付及合同变更提出初步审核意见。在合同管理部与预算成本部的协助与支持下，进行项目成本控制。在合同的实施阶段与收尾阶段，以工程管理部为主。其他两个部门提供专业支持与服务。
合同管理部是整个工程的合同商务归口管理部门
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