（4）确定投资方案和项目建成后获得的折抵建设用地指标的分配，加强指标管理。按“谁投资谁获益”原则进行指标分配：一是由县级财政全额投入建设的项目，获得的指标全部由县级国土资源部门集中管理；按非农建设项目的需要，统一安排使用，批准使用时收取的折抵指标成本回收款全额给财政；二是由乡（镇）级财政或村级集体经济组织全额投入建设的项目，获得的指标，由县级国土资源管理部门集中管理，该乡（镇）或村级集体经济组织有非农建设项目审批需要使用指标时优先安排，若不需使用该指标或指标有多余时，可以通过经济杠杆调剂给其它乡（镇）或县市重点项目的建设；三是由县（市）级财政、乡（镇）级财政或村级集体经济组织共同合作投资建设的项目，获得的指标可按投入的比例进行指标分配，或通过经济杠杆进行分配，指标由县级国土资源部门集中管理安排使用。
（5）加强新增耕地的管理：通过土地整理后增加的耕地面积原则上由原土地使用者使用，也可由村一级集体组织，在补足建设中占用的耕地使用权者的面积后，集中承 包给经申请的承包者经营者。
3、实施阶段
在项目的实施阶段主要加强工程质量的管理和工程进度的管理，及时支付工程款，同时要通过一些制度的建立和执行来规范管理工作。
（1）工程进度管理:在招标投标时，要求施工队伍在标书中详细编写出施工组织设计和保障措施，编好网络图，开工前落实管理人员、施工人员、机械设备。监理可通过对这些措施的落实情况来控制施工进度。不能落实、按时开工的，监理有权要求更换施工队伍，新的施工队伍可以选择该标段招标时确定的后备中标单位。
（2）工程质量管理：由国土资源部门制订出土地整理规划与设计规范；土地整理工程施工与验收规范和监理规范。各省、各地区根据本地实际情况，按照这些规范，对项目建设进行质量控制管理。凡质量不符合要求达不到标准的，监理有权签发监理通知书，要求施工单位进行整改和返工，对监理不力的监理单位，国土管理部门有权撤换，并追究其由此而造成的损失。
（3）资金管理：由项目法人负责控制资金投入和预算的执行情况，项目法人应严格按照经评审论证后的规划设计、投资概算进行投资控制，以避免盲目的和被动的追加投资，给投资者造成很大的压力，资金的拨付、使用按资金使用制度执行。
工程款的支付总的原则按合同执行，在支付进度款时，由施工单位填写工程结算支付申请表，按合同规定开出正式发票，并附工程量清单，经各村负责管理的人员签字确认完成的工程量，送所在乡（镇）负责管理的人员签字，报监理公司认定，监理公司认定后出具工程款支付凭证，再报国土资源部门批准，从财务直接将工程款划入施工单位账号。这样既能保证资金能及时安全到位，又能确保工程的质量和进度。
（4）制度管理：通过各种制度的建立和执行，可以使项目管理走上一条规范的道路，因此制度的建立和执行是很重要和必要的，在项目实施阶段应建立以下制度：
①项目管理实行项目法人制。实行项目法人制可以按项目落实管理责任人，由项目法人负责控制投资进度、额度、操作起来比较方便，在实施过程中，可以较快地处理遇到的一些问题，例如：在实施过程中经常会碰到一些小的工程量的调整和变更，变更单由项目法人负责签署后通过监理公司直接通知工程队，而我们目前的管理方法是行政式的，也是比较麻烦的，需逐级上报，层层鉴字，一张单子多至7、8个人签字，少则3、4个人，时间需要1—2个星期，甚至更长。这种管理方式效益很低，往往会耽误工期，造成机关作风拖拉。因此，实行项目法人制是很有必要的，由项目法人对该项目负完全责任，由项目法人全权处理项目建设中的实际问题。出了问题追究项目法人的责任。
②承包单选择实行招投标
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