在近多年分包模式的运行中，又存在着较多的问题，而这些问题得不到很好的解决，将会给总包方带来诸多的风险，制约分包市场的进一步发育和完善。然而，总承包方更多的是承担管理职责，而具体的施工任务越来越多地由分包商完成，分包商也愈来愈向施工专业化精细化方向发展。
随着我国建筑市场的发育成熟，工程项目管理也发生了重大变化，专业化分包得到了长足发展。整理出工程项目在分包管理中存在的一些常见问题，并提出相应的对策。
问题一、专业化市场未有效形成，分包管理机制不健全。
目前大部分施工企业的分包专业化市场还没有完全建立，在分包单位的选择上还处于熟队伍、熟人介绍等，没有完善和严格的选择标准和制度;加之在施工过程中管理粗放，以致总包管理部分失控，使经营风险加大。
对策：
建立长效管理机制，规范企业管理行为，降低经营风险，控制分包成本。首先将工程项目分包工作市场化，健全和完善公开招标的运作机制。其次制定规范有序的分包工程招投标办法和操作流程，避免在选定分包单位时出现漏洞和受人为干扰。再次严格分包工程管理办法，建立分包工程项目管理系统。另外，完善和规范工作效能考核机制，健全对外分包结算审计制度，杜绝在分包结算中的漏洞。
问题二、分包合同条款内容不全不合理，合同管理混乱。
工程项目内容较多，尤其一些大型工程，由于规模大，单位工程较多，在专业工程分包过程中涵盖范围难以准确，形成分包合同工程内容与分包结算工程内容不一致;在签订分包合同时定价随意，形成主要经济条款不准确，分包合同的计价标准及依据与总包合同不一致;合同管理混乱，分包工程合同既无专人负责，又无合同管理台帐，导致重复计价、超拨款等现象发生;更有甚者有的工程分包合同事后补签，失去合同的客观真实性。以上管理漏洞，给总包方带来经济损失的同时，还常常引起各种纠纷，对工程项目的顺利实施形成负面影响。
对策：
1、规范分包合同格式及条款。分包合同除统一制式，明确承包方式、双方的权利和义务外，还应明确分包方的主要工作内容和工程实施范围，同时还要对分包方的质量、工期以及安全生产和文明施工等方面的管理目标提出明确的要求，明确材料验收、资金拨付等流程和要求;避免责任不能界定，各方面要求落空。
2、统一分包项目的计量依据和计价原则。分包合同的计价标准及依据应与总包合同一致，便于项目计价和成本控制，同时规范分包结算审核审批程序，对照各项分包项目完成情况，避免漏项和重复计价，使计量、结算工作客观真实。
3、严格结算制度和工程款拨付程序。严格按照分包合同约定的工程结算办法，对分包方完成的合格工程量按约定的时间段进行验收计价;工程款的拨付严格按照流程进行。签字审批手续完善才可拨款，不得补办手续。在结算工程款时，及时扣除分包单位领用的材料费和总包方代付的各项费用。
4、限制给分包方的授权。除合同约定的范围外，分包方不得以总包方的名义进行劳务招聘和材料设备采购，以防止因此给总包方可能带来的风险。
问题三、分包商采用劣质材料，导致工程质量不佳。
分包商为了节约施工成本，往往在材料质量方面，以次充优，致使施工质量不能满足规范标准，也给总包方带来经济和名誉的损失。
对策：
在分包合同中，对分包商采购的材料、设备等的品质、品牌、规格、技术参数等要做详细的要求，力求与设计规定的一致，不符合设计