系统建设工作的灵魂是管理系统的设计。不论是对业主还是软件开发的承包商，都会把系统的设计工作放在头等重要的地位，它不仅直接关系到系统开发的进度、质量和成本控制以及具体的技术路线，更关系到未来系统的运行与维护。
对于大型集成化的管理信息系统来说，设计的问题更多更复杂，因此涉及系统成功的风险因素也会更多。笔者在此只想结合三峡工程管理系统建设的情况，就大型系统的设计过程涉及的几个问题谈谈自己的观点。
一、系统的数据共享性
大型集成化的管理系统应该充分体现集成的特点，数据的共享性体现了系统集成的思想。系统设计中的一个主要基准是使数据库里的信息尽可能地开放，容易访问，我们称之为开放数据库的概念，信息共享是成功管理的关键。
三峡工程管理系统的设计使得信息的查询、处理和交流非常便捷。在系统设计阶段，达成了一个基本的共识，那就是鼓励各部门将自己的信息让别人共享，使尽可能多的信息被传送到各个项目部和其它职能部门。信息对于决策来说致关重要，信息越多，决策越容易，效果越好。
二、处理好部门多变而系统结构能保持相对稳定的问题
项目管理系统设计的最大难点是项目组织机构和工程实际管理之间的矛盾。在整个项目管理期间，由于各种原因，部门需要经常进行调整和变化，包括部门的结构和人员的分配，例如，三峡工程在建设期间需要经常取消那些已完工项目的项目部，成立新的项目部以负责那些即将上马的新项目。
这种情况对于任何大规模的工程来说是很难避免的，但是各部门人员要完成特定的功能是不变的，例如，不管是哪个项目部，它所负责的项目都是以合同为基础的，而合同管理的职能则是相通的，就是支付、变更、索赔、进度质量控制等，他们的业务流程都是一样的，因此在三峡工程管理系统的设计中，子系统的划分是按照功能划分的，而不是按照部门划分的，这样不管中国三峡总公司内部的组织机构如何变化或调整，都无需对系统进行修改，保证了系统的相对稳定。
系统设计围绕管理的功能进行的另一个显著效果，是促进了企业管理的规范化。
对于一个大型企业来说，很多不同的业务部门可能具有相同的业务流程，系统将这些部门共同的业务流程纳入到同一个子系统中，使得这些不同的部门必须遵守相同的管理流程，从而规范了对这种业务的管理。以合同管理为例，三峡总公司的很多部门都存在合同管理的情况，物资部门有物资采购合同，信息中心有管理系统开发合同，工会有劳动服务合同，等等。
但所有的合同在三峡工程管理系统中全部都被纳入合同管理子系统中，采用同一个数据库存放所有合同的信息，但不同部门的合同可以通过适当的用户授权解决数据的安全和保密的问题。这个情况可以称为管理信息系统推动和促进企业规范化的管理的经典案例。
三、正确定位系统信息管理的基本思路
三峡工程管理系统是一个以项目管理为中心的大型项目管理系统。这样的系统在信息管理的总体思路上应该采取怎样的策略，在系统的设计阶段应该进行认真的分析和研究。
中国的经济正在从计划向市场过渡，在理论上不少管理方法需要改变，但在实际运作上，由于相应的法律和规章制度不可能一步到位，照搬西方的管理是行不通的，为了确保实用的功能能够贯穿到三峡工程管理系统中，我们必须找到中西方在项目管理上的共同点，通过反复的讨论和分析，双方很快决定从合同入手，使整个系统的基础建立在合同上，这既符合三峡总公司的要求（因为三峡工程的管理基本上全部都是以合同管理为基本单元的，即使是各个机关职能