首先是现今的高校建筑工程项目管理呈“边缘化”倾向
我国高校近些年来，重视对大型的新建建筑的项目管理，认为大型的新建建筑才有必要花费相当的人力、物力、财力去管理、去筹划，而忽视对维修改造工程的管理，这就是所说的高校工程项目管理的“边缘化”问题。其实，维修改造工程是高校工程项目的一个重要分支领域，占学校工程项目相当大的比重，比如，北京理工大学在2006年度用于维修改造工程的建设经费就高达800多万元。这些工程项目的经费来源渠道不一，所应遵循的管理方式与方法自然不同，但这些工程项目的管理同样不能与建设部、财政部七部委联合发布第30号令《工程建设项目施工招投标办法》有关规定相悖。而如何将这些有限的资金较高效地应用于学校现有教学资源的改善，并在改善过程中尽可能高地保证质量、控制经费，是高校工程项目管理的又一新课题，是不容忽视的，也是高校工程项目管理的又一全新领域。
高校建筑工程项目管理的主要目的是合理使用学校有限的建设资源，对高校硬件设施进行优化配置，尽管现在全国各高校都在绞尽脑汁地扩大工程建设的规模，但由于受到地域环境和经费的限制，不可能所有高校都能随意地扩展办学空间。退一步讲，就算扩展了办学空间，但老校区的建筑物“老龄化”也是目前全国高校普遍存在的问题，对这些“老龄”建筑的修缮、改造是高校工程项目管理面临的另一个严峻问题。
其次是高校建筑工程项目管理的前期工作薄弱
这种薄弱主要表现在以下两个方面：首先是工程建设项目缺乏科学的论证。我国大部分高校建校都比较早，许多高校目前的基础设施多数是20世纪70年代末，甚至更早年建成的，随着时间的推移和高等教育事业的迅猛发展，我国广大高校现有的基础设施已不能够满足新形势下高等教育发展的需要，为此，加快建设的步伐势在必行。但问题是如何进行有效的科学规划，而不是单凭某些领导的主观意志。其次，校园规划有待加强与完善。过去的高校校园相对比较封闭，但随着高校办学规模的扩大，学生数量的增多，以及各高校在教、学、研方面的发展，对学校的基础设施需求在逐年增加，各高校纷纷在学校有限的校园空间内投资建设学生宿舍、食堂、超市、银行、邮局等，使学校以一个“小社会”的状态存在着，学校的教职员工及家属、学生等甚至“足不出院”就可以解决基本生活问题。但这些基础设施在建设过程中往往由于工程的迫切性而缺乏必要的规划，有时甚至出现随意改变规划的现象，造成资源与资金的浪费。
再次是，当我们对于高校建筑工程项目有了充分的了解后，我们可以轻易发现高校后勤社会化的进程严重影响着高校建筑项目管理工作的全面深入
随着我国高校社会化进程的日益推进和市场经济体制改革的不断深入发展，以及国家财政制度的健全和完善，高校的建筑工程市场不再理所当然地由学校后勤部门垄断。学校也制定了与高校后勤社会化、国家法律及财政制度相匹配的一系列工程管理措施，工程项目管理的意识得到提高，市场观念和法制观念也得到了强化，同时市场经济也带来了利益格局的多样化、分散化。而且由于高校市场的相对放开，一些资质等级高、施工经验丰富的施工企业涌人高校建筑市场，使得高校形成了建筑维修改造工程项目管理的理念。但由于后勤社会化进程的深入不够，高校还不能完全对工程市场彻底放开，以致工程项目管理受到一定的阻碍与制约。
在国家对高校后勤社会化理论提出之前，高校的建筑工程（含维修改造工程，下同）市场几乎是