对于软件开发项目而言，控制是十分重要的管理活动。下面介绍软件工程控制活动中的质量保证和配置管理。其实上面所提到的风险分析也可以算是软件工程控制活动的一类。而进度跟踪则起到连接软件项目计划和控制的作用。
软件质量保证（SQA，Software Quality Insurance）是在软件过程中的每一步都进行的“保护性活动”。SQA主要有基于非执行的测试（也称为评审）、基于执行的测试（即通常所说的测试）和程序正确性证明。
软件评审是最为重要的SQA活动之一。它的作用是，在发现及改正错误的成本相对较小时就及时发现并排除错误。审查和走查是进行正式技术评审的两类具体方法。审查过程不仅步数比走审多，而且每个步骤都是正规的。由于在开发大型软件过程中所犯的错误绝大数是规格说明错误或设计错误，而正式的技术评审发现这两类错误的有效性高达75%，因此是非常有效的软件质量保证方法。
软件配置管理（SCM，Software configuration management）是应用于整个软件过程中的保护性活动，它是在软件整个生命周期内管理变化的一组活动。
软件配置由一组相互关联的对象组成，这些对象也称为软件配置项，它们是作为某些软件工程活动的结果而产生的。除了文档、程序和数据这些软件配置项之外，用于开发软件的开发环境也可置于配置控制之下。一旦一个配置对象已被开发出来并且通过了评审，它就变成了基线。对基线对象的修改导致建立该对象的版本。版本控制是用于管理这些对象而使用的一组规程和工具。
变更控制是一种规程活动，它能够在对配置对象进行修改时保证质量和一致性。配置审计是一项软件质量保证活动，它有助于确保在进行修改时仍然保持质量。状态报告向需要知道关于变化的信息的人，提供有关每项变化的信息。