招投标制度执行中存在的问题，与我国目前处于双重转型的历史阶段有着密不可分的关系。在社会大变革、体制大转换的转型期，改革的渐进性和改革不到位所造成的制度缺陷、制度真空以及监督监管缺失等是产生这些问题的根本原因，具体体现在政府与市场边界没有厘清，行业协会（商会）等社会中介组织机构的作用没有得到充分发挥，市场法治规则、信用体系尚不健全。
法律法规体系不完善，执行不到位
多头立法、条块分割，下位法与上位法不一致甚至冲突，降低了法律的约束效力。我国招标投标相关的法律法规、规章以及管理办法等规范性制度文件，分别由全国人民代表大会、国家相关部委、地方人大及政府各级行政主管部门来制定，由于各自角度和立场不同，同时受部门利益影响，造成实际上的多头立法、条块分割、部门垄断，甚至发生下位法与上位法冲突和抵触问题，部分部委和地方的招标投标文件与上位法《招投标法》相冲突，降低了法律的约束力。
法律法规执行不到位。现行涉及规范招投标活动的法律法规除了《招标投标法》和一些部门规章、管理办法等外，还有《中华民共和国行政许可法》《中华人民共和国建筑法》《中华人民共和国合同法》《中华人民共和国担保法》《中华人民共和国安全生产法》《反不正当竞争法》，以及《建设工程质量管理条例》《建设项目环境保护管理条例》《建设工程勘察设计管理条例》《建设工程安全生产管理条例》，等等。大量的法律法规的制定和实施涉及了不同的执法主体和监管主体，并调整着不同的事项，共同对招投标活动进行规范，而实际情况是各方缺乏协调配合，致使执行不到位。
法律法规文件尚不完善。目前我国还处在市场经济体系框架刚刚建立阶段，建筑工程招投标依据的法律法规内容尚存在不完善的地方，主要体现在两个方面，一方面是法律法规内容缺乏，需要补充；另一方面是随着经济的快速发展，原有的法律法规不适应新的经济发展环境，需要修改和完善。
招标时间缺乏弹性。《招投标法》明确规定“依法必须进行招标的项目，自招标文件开始发出之日起至投标人提交投标文件截止之日止，最短不得少于20日”。由于这条规定弹性空间小，没有充分考虑招标项目的规模大小和复杂性，因此在实际执行中就可能会出现小项目招标时间太长的问题。
“成本价”概念模糊。《招投标法》规定“投标价格低于成本价的除外”，但由于法律规定的“低于成本”中的这个“成本”由谁来确定并没有明确，“成本”是企业个别成本还是社会平均成本也没有明确，因此对于投标报价是否“低于成本价”的问题，实际执行中难以分析判断，具有不可操作性。
投标后企业未中标原因不明，给招投标暗箱操作留有隐患。由于《招投标法》第40条第3款规定“评标委员会成员和参加评标的有关工作人员不得透露对投标文件的评审和比较、中标候选人的推荐情况以及与评标有关的其他情况。”因此，在招标文件中往往规定“不中标不解释”，投标人为何未中标，原因不明，这样的规定就使评标标准的执行情况缺乏透明度，给业主或招标人明招暗定，暗箱操作留有余地，给投标人投诉和维权设置了障碍。
现行法律法规对评标专家的约束力弱。主要体现是专家违法违规行为难以认定，致使对于评标专家的监督管理困难。
开展和推进工程担保的相关法律法规缺位。在工程担保方面，现行涉及工程担保的法律法规或部门规章中，担保公司介入工程担保的地位尚未完全得到确认，法律缺位成为当前制约担保公司拓展工程担保业务的主要障碍，等等。
招投标执法主体不明确。《招投标法》虽然规定了违反法律法规的法律责任和处罚办法，但对于谁去执法则没有明确，导致实际执法过程中执法主体不明确，执法不严、违
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