虽然近两年来代建制开始全面推行，但总体上看仍处于探索和完善阶段，由于思想认识不统一、规章制度不完善、实践经验不足等原因，在实施过程中遇到了一些困难和阻力，急需研究解决。
(一)代建单位的法律地位有待明确，与使用单位的责权利关系需要进一步划清。从目前情况看,代建单位的法律地位不明确，在办理各种工程建设手续的过程中，其身份难以被有关行政管理部门认可，造成工作被动。代建单位与使用单位的职责、权利和义务的划分还不清晰，代建合同的签订方式和内容不规范。另外，有些使用单位对于代建工作存在一定的抵触情绪，不是自觉自愿接受项目代建，在代建过程中或是不积极主动配合，什么事都不管；或是不愿放弃自己的权力，过多干涉代建单位的正常工作。
(二)代建市场尚待培育，缺少水平高、专业性强的代建主体。 目前，各地对代建单位的资格条件和市场准入要求比较模糊，对代建单位的资质认定、等级划分等没有明确的标准和依据。代建市场处于发育期，代建主体少，尤其缺少经验丰富、水平高的代建企业，还未形成良性的市场竞争。
(三)代建服务计费无明确规定，标准偏低。目前各地的代建取费标准大多是参照建设单位管理费的标准来执行。但建设单位管理费与代建服务费相比存在较大差异，不包括代建单位必须支出的工资、税金以及应该获得的合理利润等内容，因此费率偏低，不利于吸引优秀企业参与代建。
(四)如何建立合理的代建单位激励约束机制有持进一步探索。许多地方对于代建项目节约投资进行提成奖励，其目的是鼓励代建单位千方百计控制投资、节约建设资金。但在实施过程中，这一规定有可能对代建单位产生误导，诱使代建单位为赢取节支奖励而偷工减料、降低建设标准，从而使工程质量难以得到有效保证。另外有些使用单位总是要求代建单位要尽量用完批准的投资，使两者之间产生利益冲突，造成工期拖延。
(五)政府部门直接管理的组织模式，增加了日常工作量和行政风险。各地代建制的组织模式各异，但基本都是政府有关部门直接管理代建项目的组织实施，这使得主管部门直接面对代建项目实施过程中的各种矛盾和问题，过多陷于具体事务，增加了日常工作量，不利于提高工作效率。另外，有些地方还采取政府管理部门与代建单位、使用单位共同签订代建合同的方式，由于代建合同的内容十分详尽和繁杂，主管部门在项目实施过程中稍不留意，就有可能因各方对合同内容理解上的差异等原因而引发仲裁或行政诉讼，加大了行政风险。
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