高级项目管理师与高级工程项目管理师有较大的不同。
首先，高级项目管理师和高级工程项目管理师颁发部门和证书盖章不一样：高级工程项目管理师培训结束按全国统一试卷考试评定，对于培训考核合格者由：人力资源和社会保障部中国就业培训技术指导中心颁发CETTIC工程项目管理师（高级）证书，颁发的是职业培训证书。而高级项目管理师考试认证合格后，由国家人力资源和社会保障部颁发职业资格证书。这两个证书有本质的区别！
另外，高级项目管理师指的项目是广义上的，各行各位均可使用，比如：生产制造、软件开发、工程项目施工等，只要是在特定期间内，完成的事情都可以称之为项目，所以高级项目管理师适用的范围更广。而高级工程项目管理师，单指工程方面的项目进行管理，考试内容也仅涵盖工程方面的知识，及项目施工过程中的问题。
可以说，高级项目管理师是国家职业资格一级，在项目管理领域内高级别的体现，是国家对高级项目管理者的管理理论、技能及经验达到较高水平的认可，而高级工程项目管理师知识建筑行业内的一个培训证书，认可范围也仅限于建筑行业内。