新药研发项目决策过程中的风险管理应该是一种企业宏观层次上的风险管理。新药研发项目的选择是与企业的长期战略目的息息相关的，与此同时项目的选择也应与企业当前的具体情况相适应，既不可好高骛远，也不能固步自封。
一般来说这阶段的风险管理的内容主要涉及投资及可能的回报、企业的研发能力及所要采取的研发策略、研发过程中所要采取的管理模式等领域。
一般来说，一个制药企业往往同时要进行多个新药项目的研发工作，而研发的预算往往是按照前一年企业总销售收入的一定比例来安排的，因此用于新药研发的资源是相对固定的。如何有效使用有限的资源是每一个管理者都面临的问题。
国外的成功经验告诉我们，一个企业应基于其自身的优势来选择研发项目，摊子不要铺得太宽、太广。虽然新药开发研制的成功率很低，企业同时进行多个项目来分散风险的做法是可以理解的，但如果一个企业本身在心血管疾病治疗领域具有丰富的研发经验和资源，却贸然进入到其根本不熟悉的中枢神经系统领域，这无疑地增加了研发工作的风险，从而背离了分散风险的初衷。
美国的ElyLilly公司在上个世纪80年代和90年代中后期间所进行的一系列旨在提高其新药研发工作效率的措施取得了很好的效果。通过采取这些措施后，公司的新药研发项目从8个治疗领域缩小到5个，并将正在进行的研发项目按其风险性、对公司的战略意义及前景等进行优先性排类，集中资源于那些高优先性的项目上[4]。
我国的制药企业在研发能力及资金投入上远远不及发达国家的那些跨国企业，因此在项目的决策上更应该考虑到项目本身与企业自身能力的一致性。
另一个我国的制药企业在新药研发项目的决策中需要考虑的重要的风险因素就是技术成果的成熟度。由于我国的绝大多数制药厂企业都缺乏自主创新能力，因此很多企业的新药研发项目都是引进其它单位的科研成果或者是与其它科研机构合作进行的。
越是处于早期的科研成果，其不可确定的因素就更多，风险也越高。因此在新药研发项目的选择上，管理者应选择那些比较成熟的、技术路线可行的项目以减少风险。对于那些应用前景极其良好的早期成果，企业可以考虑将项目从企业剥离出去，成立专门从事此技术商业化的创业公司。企业提供启动资金，而由创业公司以市场化的运作来进行早期成果的商业化过程。制药企业在选择新药项目时的另外一个标准就是尽可能选择那些能够衍生出其它新药产品的平台科技。
即使企业所选择的是比较成熟的、与企业自身能力相一致的新药研发项目，其失败的风险还是很高的，按照美国的经验，仅仅21.5的进入临床试验的新药项目最终能够成功上市。而另一方面即便新药能够成功上市，其可能的经济回报也是很不确定的。美国学者HenryGrabowski等人通过对20世纪90年代上市的新药的研究发现，10的新药的总销售额就占到全部新药的总销售额的50左右[5]。
在每10个成功上市的新药中，只有一个能够给企业带来5倍于投资的回报，而高达60比例的成功上市新药不能收回投资成本[6]。因此如何减少企业的投资风险也是在新药项目决策阶段需要考虑的一个重要内容。采取多元化的投资结构是有效分担投资风险的一种办法，这对于我国相对弱小的制药企业来说特别重要。
一般来说企业可以通过下面的途径来筹措研发资金：一是应积极寻求政府资金，象国家新药研发基金、中药现代化基金等；二是通过资本市场筹集研发资金。资本市场为新药研发工作提供了极好的风险分担机制，制药企业应充分地利用这一渠道；三是与有实力的、特别是国外的制药企业建立战略联