现在媒体面前时，他已显得十分疲倦。他说，针对淘宝商城的攻击触及了他的底线，甚至动摇了他曾经自信的对人性善的理解。
接近阿里巴巴人士说，这对马云打击很大，“自己为之奋斗的人群反而伤害了自己。”
外部纷杂，而阿里巴巴内部也让马云不太省心。
马云还面临着阿里巴巴年轻员工的价值观认同问题。
与阿里巴巴老人不同，这些大扩张中急速涌进的新力量有着自己的想法，而这可能会致阿里巴巴文化出现认知分歧。而这些往往仍需要马云以决策者的姿态去沟通。
一个故事或许很有代表性。一位政府要员到阿里参观，阿里特地为其预留了专用的电梯，但未想招致了内部年轻员工们强烈的不满。桀骜不驯的年轻人们认为这是对权贵阿谀奉承的姿态。这一风波最后又由马云出面平息，他在内网论坛上说来的都是客人，以礼待客是阿里巴巴应该做的。
另一面的影响则是，马云始终是解决问题的最终钥匙，这也使得其他高管难以真正独当一面。
譬如“十月围城”事件，尽管淘宝商场（现改名天猫）官方和CEO张勇曾一再解释，但最终问题仍需要马云越洋飞回平息事态。
一位阿里巴巴高管也曾对记者说，看到马云一次次不得不站出来平息事态，承受压力，会让他感到屈辱——高管们仍未能真正被外界认可承担起了最终责任。
前述阿里内部人士说，整个2011一年，对马云影响不小——阿里巴巴的价值观诉求和马云的理想主义雄心，都可能阶段性接近了某些边界瓶颈。
不过，眼下马云显示出更多积极的态度。他说，经历过去一年他心智上成熟了10岁，“现在我知道如何以更好的方式和这些事情打交道，你不能要求谁都理解你，那不现实。但是二三十年后，人们会理解我们现在的做法。这就是领先。”
集团秘书长邵晓峰说，阿里巴巴面临的责任超出了此前的想象，但马云仍是理想主义的人，阿里巴巴也仍是理想主义的团队，对承担更多责任感到自豪。
他甚至在阿里巴巴内部开始了新的民主化实验。阿里巴巴成立了公益基金，鼓励员工们自行选择、论证公益方案、核定预算、搭建团队，再通过民主公示、投票式的竞争来执行项目。
知情人士评价说，这些或许是马云后退培养接班人的心思——他个人需要减压，也更期望转向其真正感兴趣的领域；而越来越庞大的阿里巴巴，需要年轻的高管层们崛起，独立领导平均26岁的25000人年轻化员工群体。(徐洁云)