除了利益纠纷与人事震荡外，新东方在发展过程中面临的另外一个挑战是它的家族问题。俞敏洪面临的困难，不仅仅是兄弟们“造反”，还有来自老婆、老妈的压力。就像很多民营企业一样，新东方是俞敏洪和他老婆一起创办起来的。后来，老妈，老婆的姐姐，老婆的姐夫都在新东方工作。其他的管理者也跟着效仿，将自己亲戚安排进新东方。慢慢地，这种状况明显影响了新东方的管理。
虽然俞敏洪认为新东方创业时期的家族制，“导致新东方有了稳固的基础。”但是，俞敏洪意识到，进行现代化企业模式的运作，推行现代化企业制度，必须请直系亲属退出企业，其中遇到的难度可想而知。这些亲人都是和你一起奋斗，走过艰难的创业时期的人，企业发展了让这些人离开，真的很难。事实上，早在1996年，俞敏洪将朋友们请回来之后，他就将夫人撤离了新东方。
在1996年他们（朋友）进来以后，我首先意识到第一个问题就是如果我老婆还在新东方的话必然会出问题，很明显老婆能管住我，她也会无意识的管其他人，我想如果我老婆跟他们一起说话的时候他们会感觉很麻烦，所以为了避免这种情况，我让我老婆提前撤出了新东方。
假如说我的老婆很能干，在新东方有一个职位，她比谁都干得好，原则上她就可以到新东方来做。这里面需要两个条件，第一是这个企业有强大的规则来限制她在做这个事情的时候，不至于把我的权力也加到她身上去用；第二就是她本人要有足够的自觉意识，知道这就是一个工作，你在这个职位上工作的时候，不是以俞敏洪老婆的身份，而是以职业经理人的身份来工作。
但是中国人都做不到，所以这就必然产生一种倾向，如果你想要真正不受家族影响的话，你就必须把家族的人员全部清除出公司。
2002年，大家集体做出决定，任何人的亲属，都不能在新东方干。俞敏洪没含糊，当机立断表了态：“我的家族全部拿下！”这一声“拿下”，也标志着新东方彻底从一个家族企业摇身转变成现代企业。
王强、徐小平他们从国外回来，一个亲戚都不带，看见谁带亲戚进新东方他们就怒火万丈，他们说，只有俞敏洪的亲戚可以在新东方干，别的亲戚都不行，都得撤掉。后来我想，要这样的话，我自己的威望就没了，说服力也都没了。我说要清就一起清吧。
因为我知道一定要让自己的亲戚先离开，别的人员的亲戚才不得不离开，所以新东方签下了一个规矩，我们先下了一个文件，就是叫做亲属回避原则文件。直系亲属一律不能在新东方干。下完文件以后，我拿着文件给我老妈看，我老妈看了就扔到一边去了，说这个对我不管用。但是后来我还是坚定不移地执行了。
俞敏洪的母亲曾被视作新东方实施家族管理的典型代表之一，俞敏洪的母亲曾经为了新东方的事，大闹过新东方的办公室。
1993年左右，新东方已经做起来了，俞敏洪觉得母亲一个人在家乡待着太孤单了，所以就把她接到北京。老太太是一个很积极的人物，到了北京她没事干，也会到新东方来看看。俞敏洪的母亲是一个很强势的人，新东方很多事情，俞敏洪的母亲总是会干预的。俞敏洪的老妈对公司管理的指指点点，引起了海归们的不满。
那么老太太呢，肯定会觉得既然是俞敏洪的妈，那我看到什么不顺心的事情，都要管一管，那这一管的话有的时候就管出问题了，因为每个人的想法不一样，尤其是像徐小平、王强这些从国外回来的人，带来很多西方的独立思想，那更加不愿意出现这样的情况，那么就会形成一种比较强烈的，就是说反感情绪也好，或者是不舒服的情绪也好，那最后很自然的就会导致说，他们这些人来找我谈事，这个你老妈在这会影响到我们的工作热情，那是不是应该考虑就是说让你老妈尽可能的不干涉一点事情。
然而，俞敏洪在老妈面前是一个比较懦弱的人。导致最后的结果，其跪下来