统的效率低。作为国家创新体系中的企业系统，科技系统， 教育 系统等各个部分，互相之间的整合的效率也较低，仍然存在互相脱节的问题。企业想要技术和项目，可科研院所又拿不出有水平有市场的成果。各个子系统交流合作不够，难以形成合力，就难以发挥整个创新体系的功能。
(二)完善我国国家创新体系的构想
针对以上问题，要推进创新体系的建设，必须借鉴国外好的经验，实行开放型的体制。
第一，转变政府职能。其核心是处理好与市场的关系。凡是能通过市场机制，通过竞争来调节的领域，政府部门就要退出，政府部门不应该代替企业去创新，应该以宏观调控和提供服务为主。在市场经济条件下，技术创新的项目选择应当由市场决定，创新的高回报也应该由企业享有，政府不应介入这个过程。要应对跨国公司R&D全球化挑战，实现自主创新，就必须从根本上改革我国的国家的创新系统，以促进全社会科技资源高效配置和综合利用，提高科技创新能力，为我国的研究机构参与国际市场创造条件。
第二，充分发挥企业创新主体作用。除了上述所说的比技术引进更重要的技术积累和技术传播，即在引进的基础上消化，改进，发展，进而普及它之外，一个问题就是如何在国内完成技术转让，即把新技术新产品普及到企业中去。在日本，政府和企业的科研机构进行着密切的合作，即进行联合研究开发，因此能够较顺利的推进技术转让。而在中国尚缺乏这种密切合作的机制。政府应当从税制、 金融 等方面采取优惠措施，积极扶持企业建立和加强研究开发机构，支持科研人员“下海”创办企业。
第三，充分利用外国资源。正如上文中所提到的，经济全球化和科研全球化的环境给我国利用国外资源，完善国家创新体系带来了机遇。要加强我国企业与跨国公司的研发合作，利用跨国公司技术优势增强我国自主创新能力，促进我国的企业和机构主动与跨国公司加强研发合作。
第四，重视发挥中小企业，民营科技企业的重要作用。很多研究显示，中小企业在创新的量和质上都表现出较高的水平。美国有研究指出，尽管大企业有巨大的研发投资，但大企业常常把工作的重点放在对现有产品的改进和降低其成本方面，而小企业更可能投资于具有根本性的创新。[11]小企业和大企业的差异主要表现在技术创新的动力机制和环境因素及创新能力方面。开创基业的技术创新的动力机制决定小企业创新的重点更多放在技术突破和填补技术空白上。同样，民营科技企业也不可忽视，要加强对民营企业发展的指导和服务。建立面对民营科技企业经营者的培训制度，理顺民营科技企业的产权关系，完善 现代 企业制度。