质量达标的考核办法以及负责各项考核的人员或部门。
项目完成后如果研发费用没有用完，研究院可以设定统一的奖励标准，例如拿出被节约费用的50％或者30％对研发小组进行额外奖励。引导科研人员在实践工作中向节约成本的方向努力。
三、分段考核、分段奖励
新药研发周期比较长，为了有效的激励科研人员，科研项目管理部需要将项目按照项目任务书计划设定的结点分成阶段进行管理，每一个阶段终止都有相应的考核标准对完成情况进行考核；另外，还要将奖金按照项目划分的结点实行分段分配。例如：某项目被划分为5个结点进行考核，但是奖金并不是按照每份20％进行分配。提成金分配的原则是“工作难度大的结点提成比例较多，难度小的提成比例较少；项目前期的提成比例较少，后期的提成比例较多。
奖励金分段支付的理由：其一，攻克一个阶段性目标进行一次奖励，比较有利于充分发挥激励机制的效用；其二，在项目整体完成之前，财务部仅兑现计划结点奖励金额的50％，另外50％存留在本项目帐户上，每年年底再统一结算。如果项目到年底没有全部完成，财务部则需要根据剩余项目金额多少，为明年预留出一定比例的风险抵押金。这种做法一方面使技术人员得到了可见的物质奖励，另外用他们本来已经到手的物质奖励中的50％作为风险抵押金，引导他们努力完成所有的阶段性目标。
四、项目对内招标
当以上前期各项准备工作完成之后，每个项目的责任、利益、考核办法等都已经非常明确。此时，科研项目管理部可以将各个项目拿出来对内进行招标。愿意成为项目负责人的技术人员需要申报自己可以组成的研发小组主要成员名单。管理部门负责根据项目需要在竞标人中择优选定项目责任人；项目小组的参与人员由项目负责人进行自愿组合，科研项目管理部行使审批权。
如果个别项目出现无人竞标的局面，说明此项目责任和利益之间出现了不匹配，或者设定的考核目标过于困难，此时科研项目管理部需要进行调整。如果个别项目出现众人竞标的局面，说明目标易于达成，管理部门可以在认为竞争者有此工作能力的前提下，通过竞标的方式降低奖励水平，或者提高工作要求。
科研项目管理部可以制定以下规则：例如二级研究员最多可以同时做3个项目的负责人，二级最多可以同时做2个项目的负责人，一级研究员一次只能做1个项目的负责人，项目负责人也可以在其它人员负责的项目中充当参与者，数量不受限制。另外，项目负责人必须在一个项目彻底完成之后，才能竞标另外一个新项目的负责人。这样做的目的就是为了引导技术人员通过快速高效的工作多拿奖金。
五、签订《项目研发任务书》
科研项目管理部负责针对各研发项目设计《项目研发任务书》，其中包括研发小组在本项目中详尽的责任、利益、时间结点、考核办法等等。科研项目管理部选定项目负责人之后，分别由主管领导、项目负责人、项目主要参与人员三方在《项目研发任务书》上签字，作为对研发小组将来的奖惩依据。
《项目研发任务书》分为四联，第一联由研究院项目管理部负责保存；第二联交给项目负责人；第三联财务部入账；第四联科研项目管理专员用于记录项目小组的工作进展状况，此联在项目未完成前留在财务部。财务部根据由科研项目管理部签字提供的项目进展情况随时结出奖励款额的50％，由项目负责人签收。另外50％存留在本项目帐户上，每年年底企业统一结算一次。待项目彻底完成后可以立即将第四联抽出退给项目负责人。项目负责人将以此为凭据，参加新的项目竞标。
凡是时间到达计划结点时仍不能要求提成的项目，即为项目小组违约。违约金将按照责任书中的制度进行处罚。例如结点完成日期每延期一星期，将扣除此结点上一定比例的提成和一定金