目经理和部门经理不能协调好研发人员、资金的分配，那么项目组内部的冲突不可避免，直接影响到各个研发项目的进程。同时企业对于研发知识的积累程度也决定了应该选择那些项目，因为研发项目的开展直接依赖于相关研发人员的技术支持和企业积累的研发知识的共享管理。有了相关研发项目背景和研发人员的支持，可以大大缩短研发周期，因此这类项目必为研发项目组合的首选。
五、企业联盟研发风险
70年代，IBM公司同成立不久的微软公司合作开发操作系统，结果使操作系统成为微软的核心产品，IBM最后不得不在操作系统方面采用微软的标准，且微软的市值最终在1993年超过了IBM。联盟研发在为企业带来一系列资源与优势的同时，也常常使企业不得不面对某些风险。联盟进行研发过程中可能会面临如下风险：
1)联盟研发不可避免会造成企业技术的流失
为了获得新技术，合作方必须拿出一定的技术进行共享，以此建立一个平台，在此基础上开始新的技术攻关。在本企业向对方学习、尽可能获得对方知识和技术、共享双方合作研究成果的同时，对方也会同样如此。企业以正式或者非正式的手段从外部获得信息和知识的同时，面临不得不保护自己的知识技术和智力资本的困惑，苹果公司和微软的合作，说明了这一困境的客观存在及其严重性。1982-1984年，苹果公司在开发麦金托什机时，同微软公司合作开发数据库、图形应用程序等，结果微软公司的工程师开发图形界面产品的关键技能取得了长足进展，很快开发出了视窗式操作系统。后来苹果公司起诉微软非法获得其图形界面技术，但未能胜诉。
2)竞争风险
当企业与竞争者合作开发某项技术时，往往会因此使竞争对手的力量得到壮大。由于双方从事的业务相同或者相似(或具有上下游关系)，在本企业通过联盟研发获得某种技术成就的同时，合作者很可能也因此获得了技术上的关键性突破。或者说，在本企业的资源和能力得到互补之际，竞争对手的资源和能力也因此获得了互补。在一些情形下，甚至出现对方获得的互补效应大于本企业，从而出现了亲手培养出更加强大的竞争对手的局面。例如，美国通用汽车公司最初同大宇公司合作的意图在于了解并占领东亚市场，结果却是大宇公司不仅在东亚同通用展开激烈的竞争，而且在东欧市场对通用构成了严重威胁。
3)关键技术人才的流失
通过合作，合作方企业有机会更加清楚地了解到本企业的技术骨干和潜在的技术人才。在联盟结束后，对方可能以更高的薪资、更高的职位或者其他方面的优惠将本企业的人才夺走。这些人才的流失，不仅会导致企业未来开发能力的迅速下降，而且可能会导致本企业已经积累的一些技术诀窍的流失。
联盟研发的必然趋势和固有的风险常常使企业陷于两难境地。一方面，为了自身的生存和长远发展，企业需要寻求必要的联盟合作;另一方面，联盟研发又必然带来自身技术、知识等一定程度的流失。因此，企业必须在积极开展联盟研发的同时，努力寻求有效规避与控制可能面对的各种风险，在获得预期合作效果的同时尽可能减少损失。