司延期，补偿相关费用;政府收取拖期延误罚款等。政府一般要求项目公司提供履约保函，保证在项目的建设期恰当履行项目公司的义务。
(三)项目运营阶段
在运营阶段，项目公司的一个基本义务就是使竣工工程保持正常的运营，这一点对于基础设施项目，如公路、铁路等，尤其如此。为此，BOT特许协议相关规定包括三个方面的内容：一是项目公司应在项目运营开始前，提交给政府两份关键文件：“项目运营维护手册”和“资产管理计划”;二是政府对运行期间的项目设施拥有检查权利，但检查不得无故影响项目正常运行;三是项目公司应保持项目设施运行的详细记录，包括运营量、设施维修、运行安全、财务记录等。对于一些涉及国家政策、安全的基础设施，特许协议还约定，在紧急情况下(如为了公共安全)，政府有权暂时关闭相关设施，并要求项目公司放弃在此情况的索赔权或规定对项目公司进行合理补偿。为了保证项目公司恰当运营，政府有时还要求在特许期内提供一个项目维修保函，约定在什么情况下政府有权动用维修保函，由于本保函要保证在特许期有效，因此很长，所以一般此类保函的金额较低。
在运营阶段项目公司的权利就是获得项目收益。特许协议一般约定项目公司收益来源。除项目服务或产品出售收费外，还可以包括与特许项目相关的土地开发权收益、项目设施内的商务服务收益、赞助等。若是能源、矿业、电力项目，则特许公司一般与承购商(off-taker)签订承购合同(off-take contract)，并按市场价格获取收益。但若特许项目是公路、铁路、隧道等公共设施，则特许协议中对相关服务收费进行约定。政府对诸如每次通行费或票价等收费标准有最高限定。考虑到特许协议的长期性，特许协议还约定此类基础设施的收费标准的调整规则，但调整一般由项目公司向政府提出，由政府批准后执行。由于一些公共基础设施的受益主要靠交通量或用量作为有益的来源，有些特许协议还规定政府给予最小使用量的担保。
对收益的分配也是特许协议约定的一个主要内容。分配的优先次序通常为：运营、维护费用和大修基金提存;各项税款;建设项目设施的贷款本息;给项目公司股东的股息。为了保证资金使用的公平性，特许协议还约定项目收益和支出的监管方法，有时针对项目收益设立“第三方托管账户”来保证收益的合理分配。
(四)项目移交阶段
BOT项目最后一个里程碑阶段是移交。BOT合同关于移交的约定一般包括两个方面：一是移交范围和条件;二是移交程序。
移交范围包括项目设施本身;维护项目设施正常所需的场地;在一定的时间内运营该设施所需的备用材料和备件;运营维护手册、资产管理文件、记录;有关项目设施所有未到期的担保、保险文件;有关项目设施维护的所有技术和知识产权的使用权;有关项目公司的其他权益。移交的条件包括项目设施在移交时必须达到的状态、仍可以安全运营的年限、设施运行维护费水平。同时项目移交时，不能存在与项目设施有关的债务以及第三方享有或享用该设施的权利。
关于移交的程序，一般规定。在特许期期满前的某一规定的时间内，双方应启动移交程序。首先是双方召开移交协调会，以确定项目设施移交的步骤。这些步骤包括：确定双方移交代表;政府要求项目公司编制移交需提交的设施物品清单;双方在移交前对项目设施进行的联合调查和维护检修安排;对政府接管项目设施人员的培训;移交应达到的其他条件或完成的事宜。同时规定所有事宜必须在移交日期前完成。若未完成，双方各负己责，承担规定的责任。移交完毕后，项目公司对项目设施的照管责任和风险也同时移交给政府，但一般还要求项目公司对项目设施有一