单位的存在，直接向施工单位下达各种指令，越过监理直接管理施工过程，然而在工程进展不顺利时却追究监理单位的工作责任；监理单位无法正常行使权利却不能免责；施工单位对监理单位的指令可置之不理。
监理组织机构设置难度大、监理人员力量不足地铁工程监理组织机构通常由总监理工程师办公室和驻地监理工程师办公室二级机构组成。为很好完成监理工作，监理单位需要根据施工标段划分、工点分布、地理位置、工程专业范围、进度要求等因素配置监理组织机构。地铁工程的复杂性决定了科学配置机构有很大的难度。
由于地铁工程项目在近几年发展很快，而相关人才的培养工作却没有得到同步发展，人才匮乏问题很突出。由于从事监理工作薪水偏低、事业成就感不高、发展前景不够广阔等原因，监理单位对人才的吸引力不强，目前有限的地铁工程人才主要集中在施工单位和科研单位。因此从事地铁工程监理的监理单位都面临严重人才不足问题。
监理人员力量不足加重监理组织机构设置难度，同时直接导致监理工作的不规范。监理工作不规范合格监理人员的匮乏以及监理单位和监理人员对于地铁工程监理经验的不足，使地铁工程的监理工作存在许多不规范的地方。作为政府投资的重点工程，建设单位对参建方的要求相对于民间投资的一般工程要规范的多，而监理企业和监理人员能否适应、如何适应这种规范的管理和要求却是一个大问题。
一方面，监理人员中有地铁工程管理经验的比重偏小，这些人员很难在短时间内全面掌握地铁工程相关的技术规范、标准，更不能游刃有余地理解运用新技术、新设备、新工艺、新材料的技术特点，甚至不适应由建设单位倡导的地铁工程的管理系统和管理方法。严重的连监理单位也缺乏相关经验，编制不出有效的地铁工程监理实施细则。另一方面，监理企业引进的有地铁工程管理经验的监理人员多来自施工单位和科研单位以及退休技术人员，这些人员对监理工作又理解不够，不能很好完成监理工作。不了解监理规范、不能按监理规划的指导执行监理工作，不知怎么做和做什么是他们的最大特点。所以重视质量控制和进度控制，忽视投资控制、合同管理和信息管理；重视施工技术知识的学习和应用，忽视经济、法律、管理知识的学习和运用；重视现行技术规范的标准，忽视对“四新”的学习和运用；重视宏观粗线条管理，忽视监理工作细节，懒于深入；重视施工过程检查，忽视施工准备阶段的方案审核工作；重视现场工作，忽视内业资料和信息管理分析总结工作；重视工作态度，忽视工作成效等都是监理工作不规范的表现。
另外监理手段不先进也是突出问题。在地铁建设工程中，建设单位对监理周报、月报、季报、年报的内容和时效性要求很高，因此对工程监理信息的管理要求及时准确、内容完善。如何利用好网络通信技术提高计算机信息管理层次和效率是从事大型工程项目监理工作的一个重要课题。
施工安全隐患多，监理人员提心吊胆作为易发生安全事故的地铁施工，施工安全隐患是压在每个参建人员头上的一块重石。防水、防火、防塌方等安全生产的监督管理在地铁施工中是监理的重要日常工作。年起实施的《建设工程安全生产管理条例》中明确规定了监理对安全事故应承担的责任，而年发生在上海地铁4号线和北京地铁5号线的施工安全事故中，相关监理单位和监理人员都因为承担责任而受到了处分，这些都对监理人员构成一定的心理压力。前文谈到作为施工作业面全在地下的地铁施工，由于各种因素，安全事故极易发生，有的甚至影响面极广、损失极大，如上海地铁4号线事故，由于社会公众和媒体对地铁的关注程度较高，有的事故则得到媒体的“特殊关照”，被大肆渲染，如北京地铁5号线的事故。从而加大了目前正在从事地铁工程监理工作的监理人员的心理压