目的施工组织设计在实施时存在部分不合理的现象，比如对人员、材料、设备的计划和安排误差，对个别分项工程或工序的工期、质量考虑欠缺等，都可能使项目的成本费用增加；
息工或停工期过长。由于有的工程分两期施工，或者由于某种原因造成工程停工，这期间需要支付各种费用，如员工工资及各种保险、固定资产折旧费、项目部自身间接费开支、上交管理费等等。这一时间越长，额外的费用就会越大；
中标价格低于成本。就当前的市场竞争规则而言，大多的发包单位制定出低价或合理低价中标的游戏规则，这实际上就是引导承包商报出尽量低的价格去竞标。这样恶性竞争就难以避免，而且愈演愈烈。这里应该有两种情况，一种是企业为了占据市场，以策略性的低价中标；一种是预算出现失误。这种失误可能是计算错误或是考虑不周。为了报出低价，在投标书中常常采取以下几种措施：降低临时工程总价；降低工程间接费；降低计划利润；降低材料费；降低设备折旧费等。但在实际施工中，投标时考虑的降价因素有时根本不能成立或是不完全成立，这样就会造成实际发生的费用超出预计的量，综合价格会低于成本价格。
主观因素。是指由项目部自行支配施工自主权而发生的成本支出因素。
没有设立或没有严格执行成本控制的总目标。绝大部分亏损的项目，根本没有成本控制的总目标，有的虽有但却没有严格执行，因而使项目的成本处于失控状态；
材料采管制度不健全。在亏损的项目中，常常有材料采购无计划的现象，如果是有经验的材料人员执行采购任务，则材料的采购数量还不至于超出太多，不会造成太大的损失和浪费。但由于企业经营规模的扩大，许多项目部特别是亏损项目的材料人员毫无经验可谈，采购材料非常随意，其结果是材料的积压和费用的超支。在材料验收、保管、出库阶段，一些项目部收发制度不健全，材料采购人员购买的材料无人验收，更无实物账，因而就谈不上保管和出库；或者是虽有收发制度，但验收不及时、不认真，保管形同虚设，账物不相符，特别是砂石料等地材，有的项目部自始至终没有专门的部门进行管理，以购代耗，严重的甚至用虚假的材料发票报销，而根本没有购买材料。在材料消耗阶段，大部分亏损的项目部不按定额发料，施工人员要多少给多少，致使许多材料被浪费或流失。如有的项目部，在工程将要竣工时，将工地剩余的材料擅自处理。
对施工机组的承包办法不合理。主要表现在承包单价过高或过低，过高时增加了成本，过低时影响了工效，其结果都使成本增大。还有的承包方案中对材料的消耗和设备的使用、维修和保养规定的不明确或不合理，造成包工不包料、包盈不包亏，最后是任务完成了，材料超资了，设备性能下降了，总成本超支了。
分包工程存在漏洞。主要表现在对分包的项目不按照有关规定进行，或是虽然按照规定做了，但是执行的不严格或不认真。比如分包队伍的选择、单价的核定、分包协议与主合同的关系、分包方的责任和义务等等，这些都要有明确的规定，并要严格执行。
安全事故较多。主要表现在项目实施过程中，频繁发生程度不同的安全事故，轻伤影响员工上班，增加人工费支出；重伤既影响员工上班，增加人工费支出，又需要开支医疗费，增加间接费支出，同时还可能使员工的体质和技能下降，降低劳动能力和劳动效率，最终增加人工费和间接费；死亡事故更是既造成了巨大的经济损失，直接增大成本支出，又要影响员工情绪，降低生产效率，最终增加人工费和间接费。
发生施工质量问题。主要表现在施工中存在比较严重的质量问题，从而导致返工、修复、重建等重复施工的现象发生，加大了工程成本。
合同管理混乱。主要表现在合同管理的意识淡薄，不理解合同的订立、合同的效力、合同的履行、合同
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