金按照基本建设程序支付。在项目尚未批准开工以前，经上级主管部门批准，可以支付前期工作费用；计划任务书已经批准，初步设计和概算尚未批准的，可以支付项目建设必须的施工准备费用；已列入年度基本建设支出预算和年度基建投资计划的施工预备项目和规划设计项目，可以按规定内容支付所需费用。在未经批准开工之前，不得支付工程款。
第二十二条 建设单位的财会部门支付水利基本建设资金时，必须符合下列程序：
（一）经办人审查。经办人对支付凭证的合法性、手续的完备性和金额的真实性进行审查。实行工程监理制的项目须监理工程师签字；
（二）有关业务部门审核。经办人审查无误后，应送建设单位有关业务部门和财务部门负责人审核；
（三）单位领导核准签字。
第二十三条 凡存在下列情况之一的，财会部门不予支付水利基本建设资金。
（一）违反国家法律、法规和财经纪律的；
（二）不符合批准的建设内容的；
（三）不符合合同条款规定的；
（四）结算手续不完备，支付审批程序不规范的；
（五）不合理的负担和摊派。
第二十四条 水利前期工作费是指水利建设项目开工建设前进行项目规划、可行性研究报告、初步设计等前期工作所发生的费用。
项目立项前的前期工作费，由负责此项工作的项目主管部门，按照下达的年度投资计划和基本建设支出预算、批准的前期工作内容、工作进度进行支付；项目立项后的前期工作费，由建设单位负责使用和管理，按勘察设计合同规定的条款支付。
水利前期工作费支出，应严格控制在下达的投资计划和批准的工作内容之内，严禁项目主管部门和建设单位截留、挪用和转移前期工作费用。
第二十五条 建设单位管理费是指经批准单独设置管理机构的建设单位为建设项目筹建、建设、验收等工作所发生管理性质的费用。新建的水利基本建设项目。经批准单独设置管理机构的，可以按规定开支建设单位管理费。未经批准单独设置管理机构的建设单位，确需发生管理费用的，经上级水利主管部门审核，报同级财政部门批准后方可开支。具体开支范围按照财政部《关于印发〈基本建设财务管理若干规定〉的通知》（财基字[1998]4号）规定执行。
第二十六条 工程价款按照建设工程合同规定条款、实际完成的工作量及工程监理情况结算与支付。设备、材料贷款按采购合同规定的条款支付。建设单位与施工、设计、监理或设备材料供应单位签订的合同必须详尽，应包括金额、支付条件、结算方式、支付时间等项内容。
第二十七条 预付款应在建设工程或设备、材料采购合同已经签订，施工或供货单位提交了经建设单位财务部门认可的银行履约保函和保险公司的担保书后，按照合同规定的条款支付。合同中应详细注明预付款的金额、支付方式、抵扣时间及抵扣方式等项内容。
第二十八条 质量保证金按规定的比例提留，在质量保证期满、经有关部门验收合格后，按合同规定的条款支付。合同中应详细注明质保金的金额（或比例）、扣付时间和扣付方式等项内容。
第二十九条 基本预备费动用，应由建设单位提出申请，报经上级有权部门批准。其额度应严格控制在概预算列的金额之内。
第三十条 对于不能形成资产的江河清障费、水土保持治理费、流域规划前期费等费用性支出，必须严格按照批准的费用开支内容开支。
第六章 报告制度
第三十一条 各级财政部门、水利主管部门和建设单位应重视和加强建设项目财务信息管理，建立信息反馈制度。各级水利主管部门、建设单位（项目）指定专人负责信息收集、汇总工作，利用电算化手段，及时报送信息资料。
报送的信息资料主要包括反映资金到位、使用情况的月报、季报、年报，工程进度报告、项目竣工财务决算、项目竣工后的投资效益分析报告及其他相关资料等
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