许多企业投入大量资金却并没有提高效率，往往是专注予如何用软件实现现有的业务，其结果可能是“一叶障目”，没有把软件的实施真正同管理的改进结合起来。信息化的过程涉及到企业管理方法、经营机制、生产组织方式、人员是专注予如何用软件实现现有的业务，其结果可能是“一叶障目”，没有把软件的实施真正同管理的改进结合起来。信息化的过程涉及到企业管理方法、经营机制、生产组织方式、人员素质、管理基础和国家经济管理体制等诸多因素，是一项系统工程，具有典型的项目管理的特征，需要有一套规范的实施原则和方法来对项目实施过程进行有效的组织和管理，需要各相关部门问的紧密配合与相互协调。
2、业务流程进行重组的风险。
在信息化的过程中，自然地要对企业的业务流程进行重组。系统的成熟、先进的业务流程模板值得借鉴。但是业务流程的重组牵涉到人员的变动、权力的重新分配、组织机构的改变，会触动某些人的既得利益，形成很大的阻力。没有充分的思想准备和物质准备，往往由于可能造成企业不愿或不能承担的损失，会迫使领导者半途止步，保留原有低效但运作平稳的流程。实施信息化系统不是一个简单的更新软件系统的事情，而是对企业的重新定位以及业务重组的事情。高层管理的实际支持与参与是根本保障。有些企业简单地把信息化的职权与责任移交给技术部门，而在实施过程中这些被赋予的权责往往很难得到落实。一把手的参与和支持是项目成功的重要因素之一。另外，不正视企业的特殊环境，以满足软件要求而进行业务流程重组，难免“削足适履”，因小失大。
3、技术风险。
包括软件的技术风险和软件的选择风险。由于信息技术发展的速度非常快，不确定性的因素大量存在，而人们对这些不确定性的认识和控制的能力又非常有限，许多经过认真论证的很好的研究项目，最后出现大大出乎预料之外的或者失败的结果的情形并非偶然的。此外，由于信息技术的基本载体与人们日常生活经验直觉的信息载体的差异，人们对信息技术的变化和当中的一些错误都不是很容易感知的。
4、部门和人员间沟通不畅的风险。
实施队伍对于信息管理系统的成功实施至关重要，通常要由项目经理、流程指导顾问、技术支持顾问、项目组核心成员构成。项目实施小组要由具有丰富信息化系统项目实施和企业流程管理经验的咨询人员和企业内部的管理人员、业务人员以及技术人员一起组成。经常发生的情况是各方人员不到位，实施小组完全由计算机专业背景的技术人员组成，然而业务部门往往是决定项目正常运作的关键，缺少业务部门的积极参与与沟通将使项目的实施隐藏巨大的风险。
5、经费预算的风险。
信息化项目投资弹性大并且经费的估计比较软性，资金的风险也需要特殊考虑。另外外部环境的变化也会对资金的需求产生一些预定计划之外的风险。信息化实施过程中需要投入较大的成本，实际资金支出往往远远超出当初的预算。咨询、