款，法院认为“除垫资400万元条款违反建设部、国家计委、财政部《关于严格禁止带资承包工程和垫资施工的通知》的规定，应认定无效，其它内容不违反法律，应认定有效。”
本案中安徽省高级人民法院对于垫资施工无效的观点，代表了这一时期在司法实践中各级法院的主流观点，案件具有标本意义。
垫资有效与无效各表一枝的阶段
1999年10月1日《合同法》颁布实施后至2004年12月31日最高法院《审理建设工程施工合同纠纷若干问题的司法解释》颁布实施止，可称之为“垫资有效与无效各表一枝的阶段”。《合同法》颁布实施后，最高人民法院在1999年12月1日颁布了《关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（一）》，其中第四条明确规定：“合同法实施后，人民法院确认合同无效，应当以全国人大及其常委会制定的法律和国务院制定的行政法规为依据，不得以地方性法规、行政规章为依据。” 基于此，在这一阶段对于垫资施工的建设工程施工合同纠纷的处理，出现了两种观点，其一是认为确认垫资不违反国家的禁止性法律规定，理由是两部一委《通知》在法律位阶上既非法律也非法规，甚至并非部委规章，而仅属于部委规范性文件的性质，因此，根据《合同法》和最高人民法院的司法解释，《通知》不得引用为确定合同无效的依据。并且在《民法通则》、《合同法》、《建筑法》等法律法规中对于垫资施工均无禁止性法律规定，因此应当确认该法律行为属于当事人的意思自治的范围，确认有效。而另一种代表性的观点则认为，垫资施工违背国家的反不正当竞争领域的禁止性法律规定，属于变相发放借款，因此应当确认为无效。
在这一阶段的司法实践中，反映两种观点的判决均不同程度存在，造成了对于垫资施工问题处理的标准不一，使得建筑市场对于垫资的性质如雾里看花，一定程度上造成了市场混乱并导致不诚信的行为泛滥。
【案例二】
1994年4月20日，浙江义乌市伟业房地产开发公司（以下简称“伟业公司”）与浙江义乌市建筑工程有限公司（以下简称“建筑公司”）签订《建筑安装工程承包合同》，约定：建筑公司承建位于义乌市城北良种厂内的伟业大厦，双方在合同中具体约定了建筑面积、承包范围、开竣工日期、工程价款及违约金等等。合同签订后，建筑公司即开始施工，工程承包建设过程中，因伟业大厦工程增加建筑面积，经伟业公司与建筑公司协商，双方在合同履行过程中，另行订立了《建筑施工补充协议》，约定：建筑公司垫资40万元，伟业大厦竣工验收合格后一个月归还，不计息。该合同履行过程中，由于双方对于工程价款、工程质量发生争议，伟业公司向浙江省高级人民法院提出诉讼，在浙江省高级人民法院判决后，伟业公司因不服一审判决，向最高人民法院提出上诉，经最高人民法院审理结案。对于其中的垫资部分，最高人民法院认为“伟业公司与建筑公司签订的《建筑安装工程承包合同》有效，《建筑施工补充协议书》中由建筑公司垫资40万元的约定违反了反不正当竞争的法律规定而无效，补充协议的其他部分有效。”
该判例经最高人民法院以法公布（2000）第54号文件予以公布，供全国各地法院在裁判类似案件时参考。我国虽然不是判例法国家，但是最高人民法院审理并判决的典型案件，仍然对于各地法院处理类似案件具有指导意义。
同样是在这一阶段，昆明官房建筑经营公司与昆明柏联房地产开发有限公司建设工程施工合同纠纷案件也属典型案例，该案历经昆明市中级人民法院一审、云南省高级人民法院二审、最终当事人向最高人民法院提出申诉并重审结案，案件的审理过程更加充分反映了这一时期人民法院对于垫资施工问题的看法和观点。
【案例三】
1996年12月16日，昆明官房
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