IT公司（合作商）共同协作完成IT应用的项目实施和技术支持工作，一般形式是应用组织负责提供业务框架，合作商提供技术框架，双方组成开发团队进行项目实施，IT系统的日常支持由应用组织的IT部门和合作商共同承担，IT部门负责内部（一级）支持，合作商负责外部（二级）支持。合作开发的风险主要在于：
（1）合作商选择：在合作方式下IT应用组织与合作商之间同样存在信息的不对称，在合作商的招标过程中也存在不准确性，不当的合作商选择将直接导致合作过程中产生冲突，并导致项目无法按预定的进度、成本和/或质量进行或项目失败。
（2）合作中的冲突：由应用组织与合作商之间形成的开发团队中的冲突是难免的，在开发团队中，来自双方的人员尽管在项目的总体目标上存在一致性，但又必然存在着各自的个性目标，诸如工作范围的变更、进度安排、质量监控、技术问题的解决方案乃至信息的交流等均可成为冲突源，而这种冲突导致的后果往往是团队成员之间产生互不信任感，技术上或细节上的矛盾极易上升为原则上的矛盾，项目进展困难重重，团队负责人乃至应用组织或合作商的负责人忙于调解矛盾，项目质量低劣。
（3）责任不清：信息技术的高度专业化和IT项目的整体性导致在项目合作合同的谈判阶段很难考虑到所有的责任界面，当进入项目执行过程时再进行责任界面的划分会存在很大的阻力。尤其是技术支持界面的划分是很难界定的，经常发生的情形是：当IT系统在日常使用过程中需要提供技术支持时，由于职责不明确，应用组织的IT部门习惯于将所有支持任务委托给合作商完成，而由于支持方式是合作方式，在合作合同中商定的支持费用一般低于外包方式，这就形成了合作商在费用低于外包方式的条件下要完成与外包方式几乎同样的工作量，长此以往合作商对此无论从主观上还是客观上均难以承受，支持质量的持续下降也将是预料之中的。
第四，信息技术的使用效果期望过高往往会造成信息技术应用项目实施过程中的巨大风险。在目前信息技术得到广泛应用的环境下，各组织的高层主管人员（至少从公开态度方面）很少会认为信息技术的应用无关紧要，但同时却容易走向另一种极端：认为信息技术的应用将使得一切都变得容易。这种认识将在几个方面造成风险：
1．对信息技术应用的效果估计过高容易造成信息系统项目范围过大。从一般意义上说，系统的特性（即包括功能、性能、质量、安全可靠性等）与其投入的资源是成正比的，对于购置的项目其资源包括购买费用、操作人员培训费用、维护人员培训费用、供应商技术支持费用等。对于开发的项目其资源则包括整个项目实施费用（设计、开发、测试、培训、相关设施的采购和管理费用等）和未来的维护费用。这一规律从相反来说一般也是对的：一定的投入所获得的信息系统的特性是一定的，而且还存在着各个特性之间对于资源的竞争问题（如为提高安全可靠性所投入的资源可能会削弱投入提高性能的资源，如果资源投入的总量不变，则最终系统的性能会有所下降）。因此，如果对于投入和产出这一关系有个清晰的观念（当然，由于信息系统的复杂性，这种投入产出关系的估算是有相当难度的），极容易造成在给定的投资预算框架下提出范围过大的需求（或者是在项目实施过程中不断扩大需求——这将在分析项目风险时涉及），并在这种需求的误导下形成对信息技术应用项目效果的不切实际的愿望，最终往往是导致应用项目失败的一个重要原因。
2．信息系统的功能一般来说与其灵活性是成正比的，而且在当今“唯一不变的是变化”这样一个环境下，灵活性过低的信息系统是没有生命力的，这不仅表现在缺乏灵活性的信息系统无法迅速跟上业务和管理过程的变化，即使组织内部有