工程质量控制，可以对总包方、分包商的工作进行质量控制和检查，也有权对总包方的施工文件、各项施工记录进行抽查，但不能直接向总包方发任何指令。指挥部根据其对现场违规施工或不符合施工图纸、不符合施工及验收规范的意见或建议向总包方直接发出，同时也抄送给监理公司。
指挥部实际上与监理公司的作用等同，不是业主而仅仅是业主的代表。监理公司作为指挥部的独立技术质量顾问组。在工程施工过程中的质量控制、工序验收，在审查施工图等项工作中均以监理公司为主。此外，指挥部与总包方或与政府主管部门发生技术质量方面的争议时，指挥部往往让监理公司出面从技术质量角度找出论证，做出解释或从中协调。在实际工作中，指挥部主要起到工程进度和工程支付与内外协调作用，而监理公司主要起到工程质量控制的作用。
总包方对设计优化和共享成果的权力。在BT项目中，当指挥部与市政府审查批准本工程的施工图设计后，总包方以被批准的施工图设计寻找设计院进行设计优化，优化图纸被指挥部和市政府批准后则可作为施工的依据，总包方与指挥部可以共享优化设计带来的科研成果和成本节约，设计院作为总包方的分包商仅起绘图的作用。图纸规格数量、断面位置、图纸表示方法都由总包方的技术人员确定，设计院已变为从属地位。所以在工程实施过程中，总包方代替设计院处理有关设计问题也便习以为常了。
必须养成遵守合同和法规的观念。BT项目的“建设合同”从项目启动到试运转完成，每个步骤都详细说明双方的权利和义务、实施的步骤、完成日期、出图的数量、施工完成的部位、验收检验方法、各种运作表格公式等等，看起来虽繁琐，但实际运作起来可以减少很多矛盾。遵守合同观念，遵守规范观念，实质上还是一个守法的观念。
四、BT项目中的质量风险控制
BT项目的质量风险主要出现在项目的实施和转让过程中，但对质量风险的控制则应贯穿于BT项目的谈判、签订、履行和转让全过程。因此规避风险寻求法律的支持，以合同方式约束各方的关系，对BT项目的健康有序运行十分必要。
完善BT运行的法律机制。在BT项目的谈判中，应依据《中华人民共和国招标投标法》和司法部《招标投标公证程序细则》审查整个招投标过程，特别是对开标过程的真实性、合法性进行现场公证，通过招标投标方式从优确定投资者和建设者。
在BT项目企业确定后，政府或项目主办人应与该项目企业签订《投资建设合同书》，这个合同书是BT项目的核心协议，必须确保其真实合法有效，应在合同中明确工程建设采用的技术规范和质量验收标准。如果项目企业由多家投资者组成，应分别明确投资者之间的质量职责和确保工程质量满足验收标准的相互协作关系，使BT项目的质量责任更趋规范化。
在BT项目履行过程中BT项目企业对建筑工程、物资采购等一系列的招投标活动和签订一系列的合同，政府或项目主办人应根据具体工程类别，对设计方面、建设方面、物资采购方面、设备供应方面的情况进行深入细致地分析，帮助完善其合同条款的技术规范和质量标准。
项目管BT项目的投资方完成BT项目工程建设后，要向政府或项目主办人提出书面申请，由政府组织交工验收，此时应根据合同约定的验收标准对工程项目逐一进行验收，合格后投资方向政府申请移交，政府书面确认后，即拥有该BT项目的所有权和使用权。
强化政府对BT项目的监督。对BT项目的设计、项目招投标、施工进度、建设质量等进行监督与管理，有权向投资方提出管理上、组织上、技术上的整改措施。设立相应的资产、质量状况指标，严格审查施工队伍的资质和社会信誉度，监理工程师如发现承包人有分包嫌疑时有权进行调查核实，承包人应提供有关资料并配合调查。
政府可通过以下途径监督：提供技术资料、培训管理人员、有效地发挥财力资金的杠杆效应，确保BT项目工程质量。根据不同的BT项目，强化政府对BT项目的监督。