研项目在申请过程中缺乏相对完善的规章制度
科研项目预算编制缺乏规范、合理的支出定额标准，这导致了各单位在科研项目申请时，没有详细的预算所申请项目的经费，随意性比较大，甚至受自身利益的驱使，尽量多报、虚报预算。有的科研项目立项的可行性研究没有经过充分的论证，将不具备条件或是论证并不是很充分的项目申报，甚至是重复编报，小项目大预算，加大预算总量。在科研立项可行性评审时极端忽视风险评估，总想先把项目申请下来，把经费攥在自1准备工作并没有完全做充分，使得一边进行研究的可行性，一边进行经费的支出。最后出现的情况是一个科目支出的偏少，而有的预算科目根本无法开支，甚至有些项目是预算经费年年有计划安排，年年有钱都花不完，甚至根本不花钱。这种情形的出现必然导致了科研项目经费的执行率偏低。
2.3 科研项目承担单位内部信息沟通不畅
预算执行工作是实现预算收支任务的关键步骤，也是整个预算管理工作的中心环节。那么预算执行管理信息的共享就显得格外重要，然而目前科研项目经费的管理信息却是处于不通畅的境地，所有的科研项目经费执行信息都集中在财务部门，自从科研项目获批以后，项目组的主要工作就是进行科研实施和财务报销工作，科技管理部门也只是关注科研项目的进展情况，没有过问财务情况，自然也没有权限去过问这类问题。目前虽然某些科研单位实施了科研项目进展和财务公开的公示，这也仅仅限于财务方面半年一次的记录信息，对于项目进程管理和预算管理的数据分析和预警信息没有多大的关联。项目组和科研管理部门不能够实时获取科研经费的实时情况，如果想要了解项目经费的使用和结余情况，那要必须到财务部门请会计人员进行核实和统计。
与此相关的财务部门、科技管理部门和国有资产部门从没有参与项目的申请，只有科研项目批复下来后，这些部门才参与其中，这些部门在没有任何沟通和知情的情况下，只能按照国家的政策和财务规章制度来进行解决和处理，必然会导致预算经费和实际支出的差距，其结果就是科研项目经费的执行率偏低。
2.4 科研项目预算管理中的衔接不良性
科研项目预算管理一直存在着预算编制和预算执行脱钩的现象。有些科研项目一般实施时间比较长，需要跨年度才能结束。许多科研项目研究在经费没有下达之前，工作无法开展，因为不便从其他课题或是办公经费中挤占、挪用资金进行开展工作。有些科研经费特别是纵向经费，科研项目批复和资金下达间隔时间较长，而在等待费下达之后，一些野外活动或是测试加工等已经不能够再适合进行了。还有的外协单位合作项目需要一定程度和时间上运作，因为合作单位、协作单1的结果就是应当及时支付的经费无法支出，发票核销不及时，导致了经费的执行率偏低。
2.5 项目经费在研究过程中进行了预算调整
有些科研项目在研究的过程中，因项目受不确定因素影响，或者是项目单位成本体系建设情况制约，还有项目本身研究中出现的问题等，项目组课题总体方案技术指标进行变更，重新进行方案设计，这需要对项目的实施进行调整，使得科研课题项目研究周期后延，但是预算经费仍旧按照原批复的周期下达，这样便使得科研经费的执行率偏低是在所难免的。
3、提高预算执行率的方法措施
3.1 预算管理制度的完善建设
从宏观层面上，应当开展科研项目支出定额标准化体系建设基础工作，建立内容完整、结构优化、定额科学、程序规范、修订及时的项目支出标准体系。树立科研项目资金管理的风险意识，建设和实施科研项目风险管理制度，加大对科研项目申