预算执行率的优劣不但影响着科研项目的具体执行，而且还会对以后项目的申请起着很重要的作用，所以很多科研项目所在单位都很重视预算执行率优劣的问题。近些年来，财政和科技主管部门对科研管理特别是科研项目预算执行率方面出台了相应的政策和控制措施，但是实际效果来看，情况并不是很理想。
那么，在科研项目经费具体实施过程中，科研项目预算经费执行率为什么总是那么偏低?是哪些因素制约了科研经费的预算支出?又如何减少因为满足预算执行率的硬性指标问题而出现“突击花钱”的现象? 怎样在预算管理执行中解决这些问题?探索性的提出能够适合解决这些问题的有效措施，在有利于强化科研项目预算执行率约束力的同时，还能够提高科研项目资金的使用效率和效益。
1、科研项目经费预算执行率的概念和不良表现
1.1 预算执行率的概念
预算执行率(Budget Implementation Efficiency)，是项目管理部门为掌握计划执行效率，于计划执行前，将计划核定经费按一定的周期分配预定执行数，并于执行过程中，计算经费实际核销数、已估验尚未付款或已施作尚未付款、依合约扣留之保留数、计划结余数加总合计值与按一定周期分配累计数值之比值百分比。当百分比愈高，显示计划执行率越佳;反之，则越差。
1.2 科研项目预算执行率的不良表现
科研项目预算执行率的高低，直接反映了科研项目经费执行情况。科研项目经费预算执行率偏低主要表现在两个方面。一是总体经费结余，项目完成情况与经费支出情况不匹配;二是费用分配不合理，诸如耗材、管理费、差旅费等超出预算，而测试化验加工费等预算偏少，虽然总经费支出与预算总额接近，但是项目经费实际支出和预算差异比较大。
2、科研项目预算执行率偏低的原因分析
预算执行是指经法定程序审查和批准预算的具体实施过程，是把预算由计划变为现实的具体实施步骤，是项目政策实施过程的具体执行者。从本质上讲，真正的预算经费管理控制手段就是预防经费执行偏离经批准的预算。项目在实施过程中没有或者是无法按照预算编制执行时，那么必须通过一定的变更程序进行修正或者是按照计划强震执行，确保预算执行按照预先批复的经费执行，然则，在科研项目具体实施中，预算执行率偏低和“突击花钱”的现象层出不穷，具体原因主要存在着以下几个方面。
2.1 国家政策和制度建设对科研项目经费使用的监管和控制
大多数科研项目都比较能按照所批复的预算进行经费支出。但是，也有不少的科研项目在实际执行中出现“有钱不能花”的现象，即科研经费无法支出情况。从较为合理的方面讲，这与近几年来国家和相关部门对科研项目经费预算管理力度的增加有着密切的关系。财政部门实行了国库集中支付改革，加强了科研项目绩效考评和资金使用监控，提高了资金使用效率，相应的截留了不合理科研项目经费的开支。政府和财务管理部门对科研项目所需要的设备和服务设施实施了政府集中招投标采购，降低了采购成本。科研项目所在单位逐步建立健全了各项财务规章制度，严格执行了国家科研项目专项经费管理办法，不断完善了科研项目经费支出控制措施，堵塞了财务漏洞，使得一些预算科目的经费不能够再按照项目组所起先预想的那样随意支付，这样便使得科研经费大量结余，造成了经费执行率偏低的原因。
2.2 科研项目在申请过程中缺乏相对完善的规章制度
科研项目预算编制缺乏规范、合理的支出定额标准，这导致了各单位在科研项目申请时，没有详细的预算所申请项目的