提出质疑，并说他不是北大人事处登记的教授，在外面的讲课是利用北大品牌进行背书，属于“误导用户”。不过《新京报》后来的报道指出，北大教授分为事业编制和院聘教授，薛兆丰属于后者。
今年2月，另一位同侪、著名经济学家汪丁丁发表博文《为什么付费买到的只能是三流知识？》，语气强硬地指出“一流的知识只能免费，这是因为它只吸引少数能够理解它的人”，“能够与金钱和权力交换的知识，必定是三流的”。由此引发了一场究竟何为“一流”和“三流”知识，以及网上究竟能否获得“一流”知识的争论。《薛兆丰经济学讲义》出版后，汪丁丁看了薛兆丰另一本著作《经济学通识》的序言，又在朋友圈表示，不认同他“试图从日常口语概括经济学理论”的表达，像是“没有毕业的经济系学生写的”。
随后，薛兆丰在“得到”节目中回应，《薛兆丰的经济学课》的意义，就是尽力消除“知识”的神秘感，他进而反击：“有这样一些学者，以为知识天然地就分为三六九等。但在我们的专栏所讲解的知识体系看来，知识的深浅轻重，是以理解现实问题为导向、以解决现实问题为准绳的。没有什么知识是天生就高人一等的……那些只能用来‘端着’的知识，在信息爆炸的时代，已经越来越没有市场了。”
接受第一财经专访时，薛兆丰也没有回避这些争议：“大家说音频专栏浅显易懂，我想解释一下。我之所以喜欢清晰而生动的表达，是因为我相信，衡量一个人对他所讲的知识是不是真正了解，就是看他能不能以清晰而生动的方式，向一位有教养的门外汉把事情说清楚。如果你不能向有教养的门外汉说清楚你的想法，表明你自己也不明白。这个标准并不低，这是高（标准）。”
今年3月，薛兆丰从北大国发院辞职。此时，他的专栏订阅数量已突破25万，营收有4900多万元。随后，自媒体“吴晓波频道”刊登了媒体人张丰写的文章，认为辞职对薛兆丰来说是个积极事件：“很有可能，得到专栏的收入，给了他脱离体制的勇气。不管怎样，他以后靠自己也能养活自己了，而且也几乎实现了所谓财务自由。”
至于辞职的具体原因，薛兆丰至今保持沉默，“现在不太想说”。