兼顾一般的同时，优先保证重点支出。要先保证基本支出，后安排项目支出;先重点、急需项目，后一般项目。基本支出是维持部门正常运转所必须的开支，如人员基本工资、国家规定的各种补贴津贴、离退休人员的离退休费、保证机构正常运行所必须的公用经费支出以及完成部门职责任务所必须的其他支出，因此要优先安排预算，不能留有缺口;项目支出根据财力情况，按轻重缓急，优先安排党中央、国务院交办的事项，符合国民经济和社会发展计划、符合国家财政宏观调控和产业政策的项目。
(七)管理连续性
部门预算由预算编制、预算执行、审批、调整、预算监督和预算绩效考评等组成。预算执行是对部门预算的实践，通过事中的管理，保证预算目标的实现;预算监督是通过在预算执行中将预算执行情况与批复的预算内容进行比较，通过运用各项财政管理政策，对预算执行中出现的问题进行及时地纠正，或在预算年度结束后对预算执行情况进行检查，通过发现问题，避免在今后预算编制和预算执行中出现同类问题;预算考评则通过综合分析评价各部门的预算执行结果、各种资源的效益状况和各种环境对结果与状况的影响程度，承上启下，通过事后的管理，完善公共财政目标。因此，部门预算的各个环节都是紧紧相扣，缺一不可的，在部门预算的整个过程中，要保证预算各环节的连续性，以达到部门预算的建立有效公共财政体制的目的。
(八)追踪问效性
绩效是对预算的执行过程和完成结果实行全面的追踪问效，不断提高预算资金的使用效益。在项目申报阶段，要对申报项目进行充分的可行性论证，以保障项目确实必需、可行;在项目执行阶段，要建立严格的内部审核制度和重大项目建设成果报告制度，以对项目进程资金使用情况进行监督，对阶段性成果进行考核评价;在项目完成阶段，项目单位要及时组织验收和总结，并将项目完成情况报主管部门，主管部门要将项目完成情况汇总报财政部门。主管部门和财政部门要将项目完成情况和绩效考评结果分别记入主管部门项目库和财政部门项目库，并作为财政部门以后年度审批立项的参考依据，以强化对部门预算资金使用过程的监督和使用效益的考核分析，促使预算资金的安排使用由“重分配”向“重管理”转变。