一是和职能式组织结构一样，资源可以在多个项目中共享，可大大减少项目式组织中人员冗余的问题;
二是项目是工作的焦点，具有一个正式指定的项目经理会使他对项目给予更强的关注，负责协调和整合不同单位的工作;
三是当有多个项目同时进行时，公司可以平衡资源以保证各个项目都能完成其各自的进度、费用及质量要求;四是项目组成员对项目结束后的忧虑减少，他们一方面与项目有很强的联系，另一方面他们对职能部门也有一种“家”的感觉。
这种组织结构的缺点在于：
一是矩阵结构加剧了职能经理和拥有关键技能与看法的项目经理之间的紧张局面;
二是任何情况下的跨项目分享设备、资源和人员都会导致冲突和对稀缺资源的竞争;
三是在项目执行过程中，项目经理必须就各种问题与部门经理进行谈判和协商，从而导致决策的制定被耽误;四是矩阵管理与命令统一的管理原则相违背，项目组成员有两个上司，即项目经理和部门经理，当他们的命令有分歧时，会令成员感到左右为难，无所适从。矩阵的三种不同形式并不一定都具有上述优缺点：项目矩阵可能会提高项目的整合度，减少内部权力斗争。
职能矩阵能提供一个更好的系统来管理项目之间的冲突，问题在于职能控制的维持是以低效的项目整合为代价的。不好的是职能领域对其控制力较弱，容易出现“项目炎症”。平衡矩阵能够更好地实现技术与项目要求之间的平衡，但它的建立与管理是很微妙的，很可能会遇到与矩阵组织有关的很多问题。