企业管理者需针对本企业的管理模式进行个性化组织结构设计，才能保证企业的正常运转。其规范化、复杂性和集权度对组织的效率起着重要的作用。企业组织结构是企业组织内部各个有机构成要素相互作用的联系方式或形式，以求有效、合理地组织成员，为实现共同目标而努力。初始阶段的PMO设立如下部门是比较切实有效的：配置管理、开发管理、品质保证。
1、配置管理
从管理的角度来看，无论是度量数据、项目资料、有效实践、培训资料等，这些组织资产都需要有一个全公司共用的管理平台来统一管理。另外，从开发的角度来看，无论是项目还是产品，也都需要配置管理工具来管理。综合起来，就必须要有公司级统一的配置管理工具和配置管理活动规范为组织资产积累和规范化管理而奠定关键的基础。没有配置管理，其它工作无从谈起。
2、开发管理
开发管理的主要任务是针对公司每条业务线来整理其开发活动规范，并督促规范的有效实施。其顺序可以先从公司的核心业务着手，稳定核心业务后再逐一扩展直至覆盖全部业务领域。制定规范的过程中，需要结合该业务线的特点并与该业务线的核心成员一起来讨论和制定，最终还需要该业务线的负责人确认和承诺实施。制定过程中尊重对方的意见和建议，后期实施过程中才会得到对方的有效支持，负责人的承诺也会保证出现推诿现象时得到有效解决。
3、品质保证
根据开发管理制定的规范来监督项目的有效实施，并通过数据的积累和分析，协助项目经理找到制约项目实施的关键问题，通过3W1H的方法来分析真正原因并制定解决方案，最终消除制约因素。问题得到解决后，通过总结归纳，形成有效实践，推广至其它可使用的业务线领域。保证组织经验的快速分享并产生价值。
PMO的组织架构直接影响着PMO的执行效率。朋友公司是跨地域的总部-多分公司的形式。各分公司设立一个分公司负责人，负责各项工作的有效推广和实施。在这种情况下，PMO总部需要一个与公司副总裁相同级别的人员担任PMO的总负责人，负责与高层的协商与沟通。
规模大的分公司才需要建制齐全的部门，但是任然由各地的负责人统一管理，除非单个部门的人数大于5人才需要设立部门负责人。根据各分公司的规模来考虑是否在该分公司设立以上部门，规模小的分公司可以不必要分开设立，一人可以干多人的事情，提高工作效率，也减少不必要的沟通损耗。