9月28日，铁道部信息化办公室就12306新一代客票系统招标流程发布声明，声明称，全国铁路新一代客票系统的建设是依据有关法律法规面向社会公开招标，且公证处对开标过程进行了现场公证。
铁道部称，铁道部信息技术中心作为全国铁路新一代客票系统的建设单位，依据《中华人民共和国招投标法》等有关法律法规，委托具有招标代理甲级资质的中国铁路建设投资公司（下称中国铁投）面向社会公开招标。招标项目分为两个独立的包件，内容主要包括12306网站售票、客服网站、客服语音、互联网接入安全、电子支付平台、系统网络、列车服务、营销决策、系统监控、系统测试环境、代售点接入安全、机房环境等系统配套软硬件设备的采购及建设。
招标要求合格投标人条件为，在中国境内注册，具有独立法人资格，注册资金不低于5000万元人民币；具有国家工业与信息化部计算机信息系统集成一级资质；具有国内类似项目经验并提供项目相关证明等五项。
中国铁投发布招标公告后，共有七家单位购买了招标文件。标书售出20天后，项目在北京公开开标，其中有五家投标人递交了投标文件，五家投标人均满足上述合格投标人条件。北京市方正公证处对开标过程进行了现场公证。
对于评标过程，铁道部称，依法组建的评标委员会依据招标文件确定的评标办法进行了综合评分。铁道部信息技术中心依据评标委员会的评标报告及授标建议，确认在两个包件中分别报价最低、得分最高的太极计算机股份有限公司、同方股份有限公司为中标单位。
评标结果依法在中国铁投网站上公示满三个工作日无异议后，向中标单位发出了中标通知书。
对于新一代客票系统软件升级仍由中国铁道科学研究院电子所承担，而未进行招标的安排，铁道部解释称，新一代客票系统是对原有铁路客票系统的技术升级，为保证系统应用软件开发的连续性和功能配套要求，根据《中华人民共和国招投标法实施条例》等有关法律法规，由原铁路客票系统研发单位承担了全国铁路新一代客票系统应用软件的研发工作。
日前，北京律师董正伟、西北师范大学学生黄焕婷和网络爆料人周筱赟向铁道部发函，申请铁道部公开12306网站建设、设计及招投标过程中的全部信息一事。铁道部一位不愿具名的工作人员对财新记者表示，铁道部今日的回应，并不是针对向这些向铁道部发函人士做出的。对于董正伟律师等人，铁道部稍后还会给予更详细、更有针对性的回复。
此外，9月12日铁道部曾发布消息称，9月底，铁道部将推出“掌上12306”手机购票业务，实现在线支付。此系统支持苹果和安卓平台，旅客可免费下载和使用。应用可从APP store和中国铁路客户服务中心网站（www.12306.cn）下载。经记者查询，至目前为止，在APP store和12306网站均没有此应用软件应用提供下载。