很多企业都采用基于目标管理的绩效考核方法。这一方法出发点是通过将组织目标层层分解，将员工的日常工作活动与组织目标紧密的结合起来，以员工完成工作任务为考核重点，从而达到个人绩效与组织业绩的不断提升以及企业目标的不断达成。
然而在具体操作过程中，企业往往感到指标的分解会很困难，尤其对研发人员采用这种绩效考核比较困难：产品的开发过程是一项历时漫长的工作，因而对研发人员的考核周期相对来说比较长，有可能是半年甚至一年，甚至有些行业例如医药行业研发的成果需要8~10年才能见效，而研发的目标又是非常的简单明确，怎样保证全体研发人员的工作能够最大程度的支持简单具体的企业目标就显得很重要，简单的说就是怎样合理的进行目标的分解。对于研发人员的绩效考核指标的确定，佐佑提出如下的解决思路：
我们以一家医药公司研发部门人员的工作为例，假设公司对研发部门的其中一项考核指标是新产品开发的数量，现在我们介绍怎样将这个指标分解到研发部门的下属员工。
表面上看，比较难以找出新产品开发数量与员工日常工作有何逻辑上的紧密联系，事实上可以肯定的是研发人员的具体工作肯定是支持新产品开发数量这项指标的。怎样做到这一点?这就要求我们必须对指标进行正确的分解，确保员工的工作最大程度的支持新产品开发。新产品开发数量是一个既定的明确的结果，它是产品开发过程的结果，同时也是产品开发过程的一个充分必要条件。我们按照如下步骤对此进行分解：
第一步，将这个过程分解为一系列的环节：选项、立项、产品研发到最终研发成功。要达到新产品开发的目标，就必须确保以上的每一个环节的工作都能正常、顺利的完成。
第二步，对各个环节进行分解。以产品研发为例，此时我们已经由目标的分解转到过程的分解，而过程的唯一衡量标准便是对过程的控制，我们可以将其定义为有效的产品研发进度控制。
第三步，再将产品研发进度分解为一系列工作环节：实验室研究、临床、报批等，到这里工作分工就比较明确了。
接下来以临床为例继续将其分解，这时候临床人员的指标就可以定义为有效的临床过程的控制。我们现在要做的是找出并确定这项指标的衡量要点。我们认为可以从四个方面对一项具体工作进行考核：时间、质量、成本、服务。就临床工作而言，有些工作环节是临床人员无法控制的，属于不可控因素，如做临床试验的医院可能没有足够的病人可供临床试验，这种情况下临床人员就必须做出判断，利用经验数据做出合理的预估。在工作中遵循“PDCA”的流程，发现问题及时反馈并提出解决方案。
另外，企业在对员工进行考核的过程中可能还会出现这样的问题：从正向衡量某些指标时，无法全面的找出该指标的衡量点或指标的计算方法比较繁琐，这时候可以考虑从负向对该指标进行考核，即分析当该指标未达成时所出现的状况，找出负向因素，并以此为该指标的衡量点，就会大大简化指标的计算方法，更方便于考核。例如，企业对研发人员有一项考核指标是实验室的安全，这时从正向考核就非常困难，但如果采用负向考核，定义其计算方法为：安全事故的发生次数，考核起来就非常简单了。
以上，我们就企业在进行基于目标管理的绩效考核时可能出现的一些难点与问题作了简要的分析，从中我们得到一些结论：
1.基于目标管理的绩效考核必须遵循目标由上而下分解这一法则，即由组织到个人，由管理者到普通员工。
2.对于考核周期比较长的员工，可将具体的考核目标转变为对达到目标所需的阶段性的过程目标，将过程分解为具体的工作环节，对每一项工作任务再从时间、质量、成本、服务四个方面分别对各环节进行考核。
3.在进行阶段性过程目标考核的时候，如果员工对该过程的某一环节的结果
完全不可控制时，则该环节不应该设定员工的考核指标，有可能这项工作牵涉到跨部门工作团队或公司外部人员，作为主管应该思考本部门员工在此项工作中影响的权重有多大，这样就可以将看起来不可控的因素进行较好的管理和测量。
4.当一项指标从正向考核比较繁琐时，可以试着从负向对该指标进行考核，分析如果此项工作完成不好会造成什么损失，会出现什么问题等负向结果因素，并以其为考核要点，可以更方便于考核。