在企业中研发组织大多采用职能式组织架构，这种组织形式在企业发展初期能有效地支撑企业的研发工作。随着企业的发展，业务范围不断扩大，职能部门也日益增多，职能型的研发组织形式就难以高效地组织企业的研发工作。一种跨部门的组织形式---矩阵式的组织形式能更高效地组织企业的研发工作。
矩阵式组织形式是指通过横向联系和纵向联系的管理方式，使各个职能部门之间相互协调和相互配合，更加高效地实现企业的研发目标。这种组织形式是在克服垂直式组织形式缺点的基础上形成的，其最大的优点就是信息流通路线短、部门间信息反馈快、工作效率高。矩阵式组织形式又可分为强矩阵形式和弱矩阵形式：强矩阵形式是在项目期间职能部门把人派到研发项目组，项目组成员的绩效完全由项目经理进行考核，项目组成员只对项目经理负责，项目结束后项目组成员再回到相应职能部门;弱矩阵形式是把一些项目任务落实到职能部门，职能部门再把任务分配给部门员工，员工就成为项目组成员，负责完成项目的工作任务，员工的绩效由职能部门经理进行考核，职能部门经理对项目经理负责。
企业的研发组织形式是采用强矩阵形式还是弱矩阵形式，这主要取决于企业的发展阶段和产品开发的复杂程度。强矩阵形式更适用于业务发展迅速、产品多元化、业务繁杂、职能部门多、研发工作与各职能部门的关联强的企业;强矩阵研发组织形式有三大优点：一是人力资源得到充分利用;二是工作效率得到很大提高，企业可以在最短的时间内调配人才，把不同职能的人集中在一起，组成一个产品开发团队，进行产品研发工作;三是加强员工的沟通，不同部门的员工在一个项目组中共同完成产品开发工作，能有更多机会接触，对员工的沟通与综合能力提升都有帮助。弱矩阵形式更适用于变革准备度比较低、职能部门建设比较薄弱，研发工作与各职能部门的关联性比较少的企业;弱矩阵研发组织形式也有其优点：一是对原职能型组织的冲击比较小，跨部门的产品开发团队可以很容易地开展工作;二是有利于人员的稳定和职能部门的建设。
一个企业的研发组织要实现从职能型组织形式转变成矩阵型组织形式，需要具备以下条件：一是要有合适的产品经理(强矩阵型)或项目经理( 弱矩阵型)，产品经理是对产品的市场成功和财务成功最终负责的责任人，产品经理为了完成使命就需要进行跨部门资源调用，这就对产品经理的跨部门协调能力提出了很高的要求;二是职能部门经理要充分配合，特别是研发部门的职能经理其工作重点从关注业务转变到关注人员的培养;三是在研发体系内要有一套完善的绩效管理制度，使研发人员能得到有效的激励。
在咨询的实际过程中，企业的研发工作又分为技术开发和产品开发，以之相对应的研发组织通常也有所区别：技术开发通常采用职能型组织形式或弱矩阵组织形式，产品开发通常采用强矩阵组织形式或弱矩阵组织形式。