新药研发项目持续周期长，按项目的进展可明确分为一系列阶段，而每一阶段均创造了具有经济价值，如何对这些经济价值进行正确的评估复杂却是新药研发中一个很关键的环节。新药研发的不同参与方基于自身不同的利益考量往往倾向于采用对自己有利的财务分析方法或手段，因此要想使新药研发项目的参与方达成对新药研发项目估计价值的共识，所采用的财务分析模型不仅需要有坚实的理论基础而且必须具备较强的可操作性。综合起来大致有四类
1，基于成本的分析法(Cost-based method)、成本分析法虽然应用起来简单，但一个重要缺陷就是在估值过程中没有考虑项目未来的预期收益、市场条件、寿命以及继续研发过程中的风险因素等。另外一个缺陷就是该方法是建立在该项目是可被复制的这样一个假设上的，然而这对于很多的新药研发项目而言并不适用
2， 基于市场的分析法(Market-based method)、比较法使用简单，但一个重要的缺点就是没有考虑研发项目的独特性。即便是对于相似性很高的研发项目，比较法也忽视了因研发项目的进度差异及可能的市场条件的变化。
3， 预期收益分析法(Revenue-based method) ：此方法是通过预测研发项目的最终产品在未来可能产生的现金流并将其折算(discount)到现值，以此作为衡量新药研发项目价值的一种方法。该方法主要适用于处于研发后期、项目的最终产品的市场前景比较明确的新药研发项目价值的估算。
4，实物期权模型(real option);项目发展的每一个阶段，项目管理者都可以根据项目发展的前期结果来制定进一步进行或者放弃项目的决定。实物期权理论被广泛应用于不同的R&D项目分析及投资决策中。